>皆さんはこのような経験をされた事がありますか？

むしろそんな黒歴史ばかりのhexaです。
そして今、その黒歴史の海の中から「ストーリーが決まったもの」から順にすくい出して執筆しているような状態です。

私の場合、ファンタジー書きなので、「まずなんとなくこういう世界観がいい」からはじまり「それに合いそうなキャラクター」を出していきます。で、最初のもわんとした世界観を「いちばん楽しめそうなストーリー」は何か、を選んでなんとか作り上げます。そうしたらキャラクターはそのストーリーに合わせて細部の設定変更、もしくはキャスト採用不採用など改めて見直します。

藍川さんは現代恋愛ものを書く方でしたっけ？ だとすると、世界観うんぬんはあんまり気にしなくてもいいかもしれないですが、「どういう人間関係を描きたいのか」あたりに重点を置いて足りないキャラクター、設定などを追加変更していくのがよいのかも？ と漠然に思えます。