自分のやり方になりますが、まずは「こういうカップリングの物語をやりたい」と言うところから考えます。なぜならこれが自分の萌えだからです！
たとえば生真面目風紀委員長ヒロインと、傲岸不遜な不良主人公のラブコメとか。
こういう風に考えてからストーリーを考えていきます。
とある漫画家が言っていたことですが、キャラの着地点（結末）を考えておけばブレることはないそうです。なのでラストをどうしたいかは先に考えています。
その結末になるように物語を考えていきます。