禁書は設定上、ゆるい対立はあるものの、本格的に戦闘が開始されたらもう終わりなので、「物語」として対立行動はクライマックス以降でないと書きにくい設定になってます。
要するに、対立が始まったらもう間もなくシリーズ終了という終盤ですね。
ロシア編あたりがそんな感じだったんだけど、
そこに新約として新しく始めてしまったので、引き伸ばしと言えば引き伸ばしだけど、あれはしょうがないんじゃないかな、と思ったり。
もうしばらく読んでないのでうろ覚え＆記憶違いがあるかもしれませんが、
禁書は確か、上層部は対立を避けようとしたり調和の方向での計画もあったりしつつ基本的に不可侵としているが、下っ端や思想の違う魔術サイドの集団は独自に学園都市に攻撃を仕掛けている、という感じじゃなかったっけか。
それをなんだかんだありつつ解決することになる上条当麻という流れなので、その流れをぶった切って「全面的に対立がはじまりました」となったらもうクライマックスで終盤。
主人公の行動としては、「それを未然に防ぐ」という話なので、主人公の物語が成功に終わるなら科学と魔術が正面衝突する事はないですよね。
シリーズが続くほど「正面衝突しそうだ」という事を煽ってくくらいしかできず、つまり引き伸ばしと感じるでしょう。

一方、魔法使いTaiは、これも古くてほとんど覚えてないのだけど、そもそも最初っから宇宙生物と戦う（というか何とかする）魔法少女的な話じゃなかったかな。
つまり、もともとコンセプトが違う。

「引き伸ばしによって人気を得ている」のではなくて、「人気があるからシリーズを続けてる結果、引き伸ばしと思われてる」ので、その考察は違うと思う。
魔法使いTaiも、こちらの場合は覚えてないというか多分そこまで読んでないと思うので憶測が入りますが、「科学勢力が退いたあと」というのはストーリーの方向転換を行って新しい事をはじめようとした結果、それがコケて人気が落ちた、という話ではないかなと思います。
例えば、漫画「ワンピース」は大秘宝を見つける冒険という内容ですが、じゃあこの秘宝とやらを見つけた後の話は、読者は興味あると思う？　って事ですね。
物語の目的を達成した後というのは、もう物語が閉じてしまうので、「新しいこと」をはじめてまた物語を開かないと読者を惹きつけられない。
これも憶測ですが、おそらく「とある魔術の禁書目録」はロシア編と新約がそれに当たると思う。全面戦争こそしていないけど学園都市としても多大な被害を受けて、大戦が始まる的な事をやたら印象づけたセリフが多かった。
で、「とある」の場合はロシア編を終えて、新約という形で新章を始め、読者を引きつけることに成功した。私はそっから数巻までしか読んでないけども。
しかし、「魔法使いTai」の場合は、そこで読者を引きつけることに失敗した。
と、そんな感じではないかなと思います。
新章を始めたのに人気が芳しく無くすぐに終えてしまう物語は、地味にけっこう多いですよ。

さて。
一般的に科学と魔術（オカルト）は対立しているように感じますが、これを題材にしたラノベというのはやはり「とある魔術の禁書目録」がトップに座っているので、なかなか同じテーマで挑む作品は見かけません。
「魔法科高校の劣等生」など魔術と科学が同居している、という内容・雰囲気であればこの当時の流行りでよく見かけたかなと思います。
そもそも、「科学と魔術が対立している」というのは「とあるシリーズ」以前からあったアイディアというか発想なので、ちょいちょい物語の要素として登場していたんですね。
例えば「うしおととら」という漫画では妖怪退治をしてるオカルト側の主人公に敵対する科学調査班が登場してたりする。
こうした感じで、オカルトとサイエンスの組み合わせは割と「ありふれたアイディア」だったわけです。
それを、物語の一要素ではなくメインテーマとして昇華させたのが「とあるシリーズ」と言えるわけですが……他になんかあったかな。同居ではなく対立として書いてるラノベ作品。
ありそうな気もするので、他の方なら思いつくタイトルもあるんじゃないかと思いますが、私からは思いつかないです。漫画スプリガンみたいに混ぜ込んだものならあるかな。
あとは心霊に対して科学的にメスを入れてくというタイプの話も割とあると思うけども。０能者とかそんなんだったっけ？

というのも。
「科学」と「魔術」で系統が違うので、文字だけの小説でこれを説明し読者に理解してもらう事が難しいんですよ。
「とあるシリーズ」も結局は「魔術は超能力を真似たもの」としてるし、「力」の説明を一つにくくらないと説明がしにくいんです。
一つにくくらないと、要は「悪魔の実の能力者」と「チャクラによる忍術」を同時に出すようなもの、と言ってわかりますかね。
複数の要素を語らないといけないので、読むのも書くのも非常に面倒くさい。
なので、以降流行ったのは「劣等生」など、対立ではなく同居するタイプの話なわけです。
……というか、そもそもオカルトをテーマに書く作者はオカルトが好きだから書いてるわけで、科学的知識はそんなに無い。SFが好きな作者も、当然オカルトの知識なんて無い。だからどっちかに偏っちゃう。

話がだいぶ脱線してしまった気がしますが、本題の「どのタイミングで」に答えると、
これは作者が思うようにしたらいい、としか答えられません。
例えば、「仮面ライダーみたいな科学的なパワードスーツ」VS「魔王軍的なファンタジーな敵役」というコンセプトで書くのであれば、これは最初から正面衝突しないと面白くないです。
一つの架空戦史を取ってみても「戦争が起こるまでの話」か、「戦争を終結させるための話」か、で戦争を起こすタイミングというのは違うし、それは作者がどういうものを書きたいのかで作者次第です。
それで言えば「とあるシリーズ」は「戦争（対立）が起こるのを防ごうとする話」で「魔法使いTai」は「戦争（宇宙生物）をなんとかしようとする話」なので、コンセプトが違う。
物語はサッサと始めたほうが良いので、「対立する話」であるなら、序盤から対立させたほうが良いです。