ご返信ありがとうございます。ドラコンです。ざっくりとしてものですが、ご構想についてイメージができました。

　世界観的に見ると、まず武士の名前の付け方は押さえておいたほうがいいですね。

「武士っぽい名前」は、先に挙げた百官名もありますが、一族で同じ漢字を持つ、主君と特別な関係がある家臣であれば、主君の名から一字もらう、というのがあります。例えば、織田信長の織田家では「信」の字が、大岡越前守忠助の大岡家では「忠」の字が入ります（大岡家の同時代の有名人には9代将軍徳川家重に仕えた側用人・大岡忠光もいます）。また、徳川吉宗は紀州徳川家を継ぐ際に5代将軍徳川綱吉から「吉」字をもらって、「頼方」から「吉宗」に名を改めています。

　詳しくは、下記リンク先の「通字」より下の項目をご覧ください。

　https://ja.wikipedia.org/wiki/諱

　名付けなら、先に紹介した『和の幻想ネーミング辞典』の他に、『幻想ネーミング辞典』もあります。
　https://www.raitonoveru.jp/siryou/gennsoune.html

　世羽さんのご構想では、武人、剣士、騎士の類が多く登場するように存じますが、いかがですか。もしそうであれば、『幻想ネーミング辞典』を参考にして、以下のような名付けが考えられます（主に外国人名の場合）。

　・善人の場合
　「こころ」「性格」の項を引いて、「高潔」「勇敢」といった、武人にふさわしい語を選ぶ。
　「大胆」=「ガリー」（アラビア語）
　「不屈」=「レントゥス」（ラテン語）

　・悪人の場合
　悪人らしく悪い意味の語を用いる
　「残忍」=「スクリロス」（ギリシア語）
　「恐怖」=「ストラーフ」（ロシア語）

　・善悪無関係で武人一般
　強そうな動物、素早い鳥にちなむもの。
　「虎」=「ティグレ」（スペイン語）
　「ハヤブサ」=「フォーコン」（フランス語）

　戦いに関係する語を用いる。
　「剣」=「ミェーチ」（ロシア語）
　「旗」=「ファーネ」（ドイツ語）

　纏めますと、私でしたら善人には良い意味の漢字や語を、悪人には悪い意味の漢字や語を使います。