本当に詳しい説明ありがとうございます。
要するに、現在私が取るべきは、「ストーリ全体に大きく関わるけど捨てたくないネタ」だけを集めて取捨選択をし、最初の段階の大まかなストーリー構成をし、「ストーリー全体に関わらな二次的なネタ」を後の細分化されたプロットに回し、入れられればそのネタを入れればいい、ということですね。
今まで、二次的なネタまでストーリ全体にどう関わらせるか、悩んでいた嫌いが思い返されますので一気に解決に近づいた（解決した？）気がします。
あと、やはり上手く入れられないネタは率直に廃棄するべきですよね。
＜「成立する流れ」で書いたけども、そこに無い要素を加える事自体が無駄だし蛇足だと考えています。
今後は二次的ネタはなるべく最初の段階では流すように努めようと思います。
何か自分の決断の無さを痛感しました。ありがとうございました。