作品の傾向、読者層の想定、作者の好み・書きやすさ、もろもろで最適解は１８０度違います。
ですが、男女の組み合わせで４パターンすべてが候補に入ってるってことは、つまりどれでもいいと考えてるってことで、ようするにどれがいいのかわからないから誰か背中を押して、という悩みかなと推察してみます。

まず主人公の性別について、年齢と含めて想定する読者層と近いものにするのが良いと思う。
読者が主人公をどう見るかによって違うけど、作者としてどう見て欲しいかで考えて問題ない。
なので冒険心を失ってほしくないという意図があるなら童心に返ってもらうために読者層よりずっと若めの少年にするのも良いし、男性から見た理想的な少女像（と言うと何か誤解がありそうだが）として見て欲しい場合は男性ターゲットでも女性主人公にして良いと思う。
逆に主人公に憧れを抱いて欲しい場合は読者層より若干高めの年齢に。
そうした作品意図が一切不明なので、ニュートラルに「読者層に近いものが良いと思う」としか言えない。
ただし、これは続く話にも言えるけど、この判断は「作者の好み」より上位に来るものではないです。
あくまで「どうでもいいんだけど、どれも決定打がないんだよね」という場合の一押しの判断でしかないです。

次に組み合わせ。
少女同士の場合、二人のうちどちらかは比較的活発な少女にならざるを得ないと思う。
内気な二人では話が進まないし、物語を進行させることを意識したキャラ設定にしないとどうにもならない。
王道で言えば「活発なアクセル役」と「冷静なブレーキ役」の組み合わせですね。
例えるなら、「相方が洞窟に入ったきり出てこない、どうすれば！」という場面で「覚悟を決めて洞窟に飛び込む主人公」という選択ができないキャラだと行動に不自然さが出るし話を展開しにくい。
もちろん、話の中でそういう勇気を持つに至る、という流れを作っても良いのだけど。
でも、その「女性らしさ・少女らしさ」は一種の「弱者の象徴」でもあるので、これが「勇気を持って友達を助けに行く」となった時の展開は男キャラ以上に盛り上がります。
そうした「女性であること」を上手く扱えるなら少女同士の設定は強い武器になると思う。

少年同士の場合、前向きにバカであっても不思議じゃないのが少年なので、少女よりも前述した問題は軽く、比較的その場のノリで動けるため性格は自由になる。
また、これは少女同士にも言えるけど、同性の場合は恋愛要素が無いので（書きたくないと書かれているが、それについては後述）それ以外の「人間関係（ドラマ）」を書く必要がある。
少年二人でよくある王道はと言うと、少年漫画を見りゃわかりますが、主人公と相棒は最初は不仲で相性が悪い、それが次第にベストなコンビになっていく、というものですね。
少女同士にするか少年同士にするかは、ぶっちゃけこの「人間関係」のドラマに何を当てはめるかで最適解は大きく変わるかと思います。女性っぽいテーマなら少女のがいいだろうし、男性っぽいテーマなら男性のが良い。
しかしその裏を書いて男性っぽいテーマで熱い戦闘を繰り広げる魔法少女という例もあるので、そこは作者のセンス。これは面白いという作者本人の確信が大事。

主人公と相棒とで異性の場合。
主人公の男女の違いは先に書いたので、残りはまとめて。
といっても、やはり異性の出会いというのは「ボーイ・ミーツ・ガール」というジャンルもあるように、その出会いから物語が始まる以上は多少の恋愛は切り離せません。最終的に恋人になるかどうかはともかく。
ちなみにここでいう「多少の」は、「一緒にいるところを友人に見られ、あとでからかわれる。それを照れながらも否定する」と、ベタだけどこの程度のモノを言ってます。
二人きりになって少しドキッとするとか、まあ正確には恋愛の手前あたりの事だね。
で。
それを書かない場合、「同性同士」で問題に上げたものと同じ話になるので、「恋愛」に代わる「人間関係」が必要になります。
まあ、普通はその人間関係のトラブルが解決することで恋愛となるんだけど、書きたくないなら別に無理してトラブルの解決を恋愛に繋げなくても良いので、人間関係の問題解決の答えが「恋愛でないもの」になれば良いでしょう。
例えば「良い友人になれた」とかでも良いと思います。
少年漫画でありがちなのは「いがみあう仲の悪い二人」から「切磋琢磨しあう良いライバルになった」みたいのじゃないかな。
ようするに、「恋愛」を書かないなら「恋愛」に代わるものをちゃんと考えましょう。

魔法世界で旅をするのか宿屋で強制労働かはわからないけど、結局のとこ主人公と相棒が一緒に強くなる話なので、それを考えてそこに一番噛み合うものをと言ったら少年同士の設定でしょう。
主人公少年・相棒少女でもいいと思うけど、そこは前述した「恋愛に代わる人間関係」の話ですね。
同性なら「ライバル」って枠組みで腕の競い合いが出来るけど、異性だと性別が違う時点で正確な競い合いが出来ない（読者的に納得いく形を取るのが難しいと思う）。
なら少女同士でも良さそうに見えるし、事実それだけを問題にするなら少女同士でも良いと思う。
それこそ某魔法少女みたく熱いバトルの魔法少女でいいと思う。
けど、まあ、作風も作品の雰囲気も何もわからないので、最強を目指す話なら少年のほうが合うんじゃない？　という程度の話。

で、最初のほうに書いたけども、これらは男女の設定に関わるものはすべて「作者の好み」より優先されるものではないので、えらい長く書いてしまったけども、気になる箇所があれば参考にしてくれたら書いた甲斐がありますが、基本、こういうのは作者が書きたい内容やモチーフ・テーマなどから決めてくものですから、例えば「勘違いしたウザ主人公をぶっ飛ばしてく魔法少女（恋愛にはならない）を書きたいな！」となりゃ、それが正義です。
作者の好み、書きたいこと、そういったのが全てです。それらがわからんと第三者には勝手に妄想して回答するか、思いつく限りに当てはまるベターであってベストではない回答しか用意できません。