これ、ある意味で「あなたは男女の性格についてどんな先入観を持っていますか？」と聞かれているようなものなので、ちょっと回答が躊躇われる……。質問を読むかぎり男女の組み合わせがどうであれ成立しうるストーリーなので、あたりさわりのない話だけをするなら"どっちでもいい"としか言えません。以上！

　……って、これだけじゃ流石にアレなので、あえてもう一歩踏み込むならば。
　フィクションのステレオタイプにおける男女差って主に動機の違いに出るとおもうんですよね。

　たとえば、落ちこぼれの魔法使い見習いはどうして『最強の魔法使いを目指』そうと思ったのだろう？
１．魔法使いの名家の出身なので、その看板に泥を塗るわけにはいかない。／落ちこぼれていることが実家に知れたら勘当される。
２．魔法使いへの憧れから、親の反対を押し切って魔法使い見習いになったが、一定の期限までに魔法使いとして一人立ちできなければ実家に連れ戻されて親に決められた相手と結婚させられてしまう。
　１はなんとなく男性っぽくて、２は女性っぽい気がしません？

　主人公側のモチベーションについても同様。
３．主人公は実は魔術オタクで、魔法使い見習いの隠れた才能を見抜いた主人公は"私にお前をプロデュースされてくれ"と持ちかける。
４．魔法使い見習いがいじめられているところにたまたま遭遇し、彼／彼女を助けたい気持ちから思わず"彼／彼女にはすごい才能があるんだぞ！"と啖呵を切ってしまい、後に引けなくなる。
　３は無双系の異世界転生を連想させて男主人公っぽいし、４は非力な女性がやったほうがギャップで映える。

　こんな感じで、設定を詰めていくうちに"この考え方は男／女のほうがしっくりくる"と感じる瞬間がたぶんあると思うので、そこで性別を決めればいいかと。