2パターンは何が成就されるかが違いますね。言い換えれば、主人公が克服するものが違う。そのため、テーマが異なります。スレ主さん（作者さん）がお好きなほうを選べばOK、ということなんですが、それだけでは突き放したような物言いになってしまいます。少し説明を試みたいと思います。

１．パターン１
主人公が片思いで行き詰っているのはなのは、陰キャラの劣等感ゆえに告白すらできないから。それもヒロインも主人公に好意があるだけでは解消されないくらいであるわけですね。

単純に考えると、主人公がヒロインの好意に気が付いてないパターンというのもあり得ますが、話運びは難しくなるはずです。片思いってどういう状況か。片思い相手を思いやり、よく見てますよね。だって好きなんですから。

片思い相手がそこに気が付かないというのは、上手にやらないと無理が出ます。ましてや、実は片思い相手（ヒロイン）側も好意を持っているわけですよね。ヒロインもどうして主人公に好意を持つに至ったか。

よくある動機が「相手の好意を感じ取ったから」でしょうか。主人公の態度が、口では表さないながら、好意を持つ人間の態度（しばしばじっと見つめたりする、自分にはとりわけ優しい、誕生日を覚えてくれている等々）だと気が付くと、好意に対する好意が発生するのはよくあることです。

上記以外の流れも考えられますが、どうするにせよ恋愛についてはリーチがかかったも同然。だけど進まない、という話になりますよね。主人公の「陰キャラの自分ではヒロインにふさわしくない」（これも主人公の優しさ、ヒロインを大事にする気持ちではある）が、主人公の越えがたい障壁となっている。

その障害をどうやって突破するのか、というものですね。一点突破です。陰キャラを解消するのか、陰キャラでもいいんだと悟るのか、あるいは……。恋人関係成立は主人公についてシンボル的なゴールで、実態としては主人公に欠けたものを埋める話になります。

仰るように、あるいは他の良回答にもありますように、王道になりやすい、しやすいパターンだと思います。最初から争点がはっきりしているからです。「陰キャさえなんとかなればなあ」ということです。だから、読者としては何の話を読んでいるのか、最初から分かりやすくなります。

２．パターン２

主人公はヒロインを（幼馴染とかクラスメイトとか恩人とかいった理由で）大事にはする、といったところでしょうか。ヒロイン側の最初の気持ちをお書きではないですが、とりあえず１と同じだと考えてみます。つまりヒロインは最初から主人公に好意がある。大事にされるんですから、無理な設定ではないですよね。

しかし恋愛には進まない。主人公が（ヒロインに対する）恋愛感情に乏しいから。少なくとも、ヒロインに対しては主人公の情緒の未発達がある、といった感じです。これを恋愛成就に持っていくには、主人公の情緒発達が鍵となります。

類例の作品を考えますと、例えば「灼眼のシャナ」。ヒロインのシャナは異様な発育環境だったため、最初は普通の情緒を持ち合わせていません。主人公の悠二と出会い、さらに高校に通うようになって、次第に人間らしさを学んでいき、情緒の発達が促され、悠二に恋愛感情を持つに至ります。

「フルメタルパニック」も同様ですね。主人公の相良宗介軍曹は、戦場で育ったに等しく、非常識なまでの性格でした。メインヒロインの千鳥かなめの護衛任務をこなすうち、人間らしさが芽生え、かなめを任務のためではなく、大事に思うようになる。

最初は恋愛的な好意はない、としたら、恋愛に至るには何が足りないのかという話になるわけです。不足がテーマであって、邪魔があるわけじゃない。十代ですと、おおむね女性より男性の発達が遅いのが通例のようですので、優しいんだが鈍感な主人公に、好意を持つヒロインがやきもきするというのは、フィクションならずともよくあることかもしれません。

ともあれ、パターン2ですと「主人公の情緒発達から覚醒」がテーマにしやすいように思います。王道になりにくい要因としては、冒頭では主人公が何をする話なのかが見えにくいことがあるように思います。少なくとも、主人公が恋愛相手に誰を選びそうなのか、はっきりさせにくい。王道をまっしぐらではなく、獣道をさまよう感じですね。

ですが、それだけに意外な展開は作りやすくなりそうです。ヒロインを好きになる動機、要因、きっかけのドラマも入れやすい（最初から好意がある場合は冗長な要素）。仰るように起伏が大きく、ドラマチックにしやすいと思います。

３．どっちが受け入れられやすいのか

どっちの主人公が読者の好み、で考えると、なかなか難しいと思います。読者の好みはシンプルでシビアです。「面白い話が読みたい」だけですから。それだけに応用性も高い。どんな主人公像でも面白ければいいんですから。

読者の懐は深い、許容範囲は大きい、と信じてみてはどうでしょうか。そう信じるなら、作者として趣向を凝らせる主人公はどんなタイプか、という問題になってきます。お示しの2パターンで、スレ主さん（作者さん）が現時点で、「こっちのほうが書きやすい、いろいろ書けそう」と思うほうを選べばよいと思います。