執筆中の作品に対して「何か違うな」と思うのは誰しも必ずあります。
さらに言えばどんな話を書いていてもおきます。
ジャップの無駄に気を使った、歯に衣着せた言い方は糞食らえだしわかりやすく事実だけ述べた方が理解しやすいかと思うので、少々覚悟して読んでください。

>書きたかったテーマそのものを自主規制してしまったために、本来の物語の軌道から大きく外れたまま、自分の作品を書いてしまいました。

テーマ、とは。お題やメッセージですね、主人公が目的や目標を達成する過程で伝えたい事。
主人公に限らず、登場人物の行動により浮かび上がる一つの「疑問」や「議論」だとも思っています。

そして、あなたはテーマテーマと言う割にはそのテーマの何を伝えたいかがハッキリと絞れていないのです。
当たり前です、相談の段階で「アスペルガー」としか言えてなかったのですから。

大切なのは「アスペルガー」をテーマとするなら「アスペルガー」の何を伝えたいか。何を読者に読み取ってほしいか、です。
純粋に特徴を伝えたいのか、擁護を訴えたいのか、さらには邪として描きたいのか。

あなたの今作を乱暴に纏めると、「アスペと虐げられてきた主人公が異世界で大きなことを成し遂げる」という内容かなと。

となると、ストレートかもしれませんが

「発達障害でも戦えるんだ、やりきることができるんだ！　だから、同じ悩みを持っている皆も勇気を持って負けないで！」

というメッセージを伝えるには充分な内容です。
面白い、面白くない。は別として。

アナタはテーマを決めている気になっているだけです。

というか、多分自主規制したと言うのは「テーマ」じゃなくてただの「題材」じゃないでしょうか？
「題材」は、作品内で登場する「アイテム」や「キーワード」「特徴」「属性」等、設定関係の話になってきます。

テーマとは全然違います。

ガンダムなら
「戦争の中で揺れ動く人間達の心や絆」というテーマを「巨大ロボ」という題材で描いています。

アンパンマンなら
「愛と勇気」というテーマを「生きた菓子パン人間」という題材で描いています。

機関車トーマスなら
「人間だれしもに共通する教訓」を「役に立つ機関車」というテーマを通して「感情を持った人面機関車」という題材で描いています。

アニメなんか観ないのでこの辺の例えしか出ませんが、テーマと題材の違いは受け取ってもらえましたか？

「」というテーマやメッセージを伝えたくて「アスペルガー」という題材を選びました。

と整理してみてください。

ついでにアドバイスとして言うとすれば
精神的な障害を描くなら、第三者の人物に語り手をさせるか、三人称にして主人公の言動を軽く翻訳や解説しながら書いていった方がいいですよ。

その方が「何が普通の人と違うのか」が伝わると思うので。

理解されにくいから「普通の人と違う」扱いされている訳で、その「理解されにくい人の視点」だけで話が進むと、当然読者も理解してくれません。読み切ってもらえるだけでも奇跡です。