うーん。
正論が正しいとは限らないんですが、これ理解できますかね？
言論が得意な人って、「これ自分の言ってること間違ってるよなー」と思いつつも相手を論破しちゃうことがあるんですよ。
正論って、単に根拠のある筋の通った話ってだけで、別に正しくはないんです。
筋が通ってるから正しいように見えるだけ、であって。

なので、「主人公の主張」は正論に寄った意見の一つってだけで、別に正しい意見ではないし、主人公と対立する意見が間違っているわけでもないんですよ。
でもおそらく、主人公の主張が絶対正義の前提で書いてないかな、と感じる。

単純に、「主人公の主張」が正しくない状況を用意すれば良いだけだと思う。
例えば見方を変える。正義の味方も正義の定義が変われば悪党でしかない。「正しさ」なんてものは見方一つでどんな風にも変わってしまいます。
でも、主人公はブレない、つまり「主人公の主張は正しくない」けど、それは見方の問題だから、主人公にとっては自分の主張が正しいんだよね。
この時点で精神的に未熟で、多様性を受け入れられない子供っぽさを感じる。
正義は一つしかないと思ってる感じ。
でも実際は違うんだから、そういう他人の正義に触れて成長していく話がいいんじゃないでしょうか。

熱血漢の主人公像というと、流行を問わずジャンプ系の主人公がたいがいソレな感じがします。

私なら物語で解決させちゃうかな。
最初はどー考えても主人公が正しい展開を用意する。例えば好き放題してる領主がかわいい村娘を何人もさらってゆき、それを知った主人公が憤る、みたいなド王道なわかりやすさで。
村娘を取り返そうと領主と正面からやり合う主人公だけど、実のところは、借金のかたに売られそうだった領民の娘を保護し借金の肩代わりをしたぶん屋敷で働いてもらってただけ。
村娘たちはむしろ、屋敷に入り込んで上手く領主を落とせれば玉の輿なんで、自分たちを救おうなどという主人公の行動は超迷惑だった。
村娘の婚約者なんかを用意したら上手くオチになりそうかな。

よくありそうなのだと、主人公の主張を理想論にしちゃって、現実的な展開を用意するタイプですかね。
敵を殺す必要はないと主人公は主張するけど、まあ実際そういうわけにもいかず、ライバルか偉い人なんかが敵を一思いに殺してしまう、みたいな。
主人公の主張どおりであることは確かなんだけど、でも実際そうはいかないよね、って展開はよくあると思う。
敵をなんとか助けたい主人公と、敵一人殺せば数千万人が助かるっていう状況とか。
理想論って、それができれば苦労はしないって話なんで、正しそうに見えて実はって展開にも使いやすい。

主人公の主張が絶対正義というか、それが正しくなるような展開を考えてるというか、その主張のみしかない、という感じがする……というのは邪推かもしれませんが、主人公以外の主張が正しく見える場面を書いてみるといいかもしれないと思います。