キャラクターの好感度は、正義ではなく情で作るものなんじゃないかと思います。

＞「目の前の人間も救えなくて、世界再生なんてやれるかよ」

これは理屈でも正義でもなく、主人公の情熱がほとばしった言葉ですよね。

一方で仲間の言う「街がさらなる報復を受ける可能性もある」という主張も一つの正論ではあります。「目の前に苦しんでいる者がいたら、救わなければならない」というのも正論ですから、これは正論と正論が衝突しています。どちらを選択しても悪い結果につながる可能性がある時に、まず情熱で突っ走ってしまう性格と行動は、たとえ結果が悪くても共感は得られるものです。

ただ、前提として、主人公は気性のまっすぐな好感のもてるキャラクターだという印象を確立しておく必要があります。まっすぐな性格だから時に暴走することもあるというイメージを先に作っておけば、失敗しても大目にみてもらえるものなんですね。

テイルズ オブ シンフォニアをプレイしたことはありませんが、ウィキの主人公設定の部分だけざっと読んできました。

＞シンフォニアの世界観のひとつとして人種差別が特徴なのですが、ロイドは人種や立場で差別することない純粋な心を持っております。

ウィキの記述をみると、

（引用、はじめ）
幼少期に母であるアンナと森の中にいたところをドワーフのダイクに拾われ、養子として育てられた。そのため、人種や立場に対する偏見がない。
（引用、おわり）

主人公がなぜ人種偏見を持たない性格になったのか、ちゃんと理由付けが考えられているようです。これはけっこう重要で、単に作者都合で主人公をすぐれた資質の持ち主にしたいだけという印象を緩和しています。
それでも作中のエピソードとして、主人公が人種的な差別を受けている者にやさしく接したり、公平な態度をとったりというシーンを自然に作れますから、好感度を高める演出がしやすいはずです。

そういう部分から「いいやつ」感をまず確立した上で、選択の難しい状況に直面させます。仲間は思慮深さから行動を躊躇しますが、そんなとき主人公だけが立ち上がるのは王道の見せ場でしょう。
むしろ仲間の主張の方が一理あるようにみえても、重要な局面で決断しないのは主人公らしくないんですね。有名な既成作の中にも決断できないタイプの主人公はいますが、嫌われはしないまでも、もどかしさは感じられているのではないでしょうか？
なので、エンタメ・ストーリーの場合、多少無茶でも大胆に決断して行動できるのは主人公の特権のようなもの。
熱血型の主人公というのは、そんな計算にもとづいて作られているのだと思います。