ロリコン作品を前提にしたら、そりゃ主人公を高校生あるいは大人にしてヒロインたちを小学生などにしなけりゃ「ロリコン」じゃないので、そりゃそうだろうよ？　って話だと思うですが……
これは、ロリコン云々は関係なくて、ヒロインの年齢が低い場合も主人公の年齢は読者に合わせたほうが良いのか？　また漫画やアニメではその限りではないが、違いは何か？　という質問と受け取って答えてみようと思います。

まず、ライトノベルには女性が主人公となるヒット作も多くありますが、たしかに「少女」を主役としたライトノベルはすぐに思いつかないほど少ないかなとは思います。
ですが、別にダメなわけではないし難しいわけでもないです。
逆に、小学生ほどの少女を主人公とする理由は何でしょうか？
そこに理由がない以上、オーソドックスながら「読者と近いほうが良い」という理由のある高校生主人公のほうが最適解と言えるでしょう。

例えば、何か適当なラノベを思い浮かべて、そのシリーズものの中で少女の視点でちょっとしたエピソードを語る場面などはありませんか？　まあ、そう多くあるわけではないと思うけど、一時的に主人公視点から少女視点になって話が進んだりすること、ありますよね。
外伝なんかで小話があったりとか。
確かに「少女を主役に据えた物語」は少ないかもしんないけど、でもこうして１エピソードをラノベで語っていて、それは受け入れられてるわけですよね。
なら、別に「ソレ」を主としたラノベがあっても不思議じゃないし、別に問題ないでしょう。
そもそも、一般向けを前提にしてるけど少女向けとかホラーとかジャンル次第では普通によくあるしね。
もとから「少女の話」として組み立ててるなら主人公を少女にする事に抵抗はないし、何も問題ないです。
ただ、それが「高校生主人公とした場合のプロット」と比べた場合、一般向けとしてどちらが受け入れられやすいかと言ったら、たぶん「高校生主人公」のほうでしょう。
例えば「りゅうおうのおしごと」は、「ヒカルの碁」よろしく小学生の主人公とライバルが竜王戦でタイトルを目指す話とした場合、それは萌え版ヒカルの碁みたいで面白そうだけど、「竜王タイトルを取った主人公のもとに弟子入り居候する小学生ヒロイン」のほうが、ラノベとしてウケはいいよね。

では、この「ウケはいい」というものの正体はなんでしょうかね。
それは演出の仕方、しやすさ、その表現だと思います。
例えば「少女二人が真剣な顔で将棋を打っている」というワンシーンと、「突然に主人公宅へと少女が弟子入りにやってくる」というワンシーンでは、インパクトが違います。当然後者のほうが良い。
じゃあ、今度はその場面をイラストでイメージしてみて下さいな。
「少女二人が真剣な顔で将棋を打ってる」というイラストと、「主人公宅に訪れて弟子入り志願する少女」というイラスト。
これ、たぶん前者のほうが良いと感じるんじゃないかな？
だって後者は単に主人公宅を訪れた少女という図なだけの絵だもの。
文字だけで場面をイメージできるものは文字が向いてるし、絵があることで場面を表現できるものは漫画やアニメに向いてる。

そして、当たり前だけど漫画と小説とでは、絵と文字という表現の違いが大きくあります。
「絵があるからかわいい女の子を出すだけで楽しめる」という感じの意見もあると思うけど、それも一理あるけど、これは「表現の違い」という事で、文字のほうがより表現できることもあるし、絵のほうが優れてる場合もある。
そして、当然ながら、漫画は「イラスト表現が優れてるシチュエーションで物語を作る」ので、基本的にイラストありきの展開と演出です。
小説の場合は、イラストが挿絵のみなので、文章だけで面白さが伝わるシチュエーションが好まれます。すなわち「主人公宅に少女が弟子入りに来る」などですね。
表現に違いがあるので、その手法に適したものが選ばれているというだけの話です。

で。
そうなると、「女の子二人が何かする」というのは文章的には演出しにくいわけですよ。
演出できる形に仕立てれば良いのでどうにでもなりますが、基本「女の子二人」という道具があるだけでワクワクします？　どうやってワクワク感を作りますか？　難しいっしょ。
文章だけで演出しやすい形にするには「読者層に近い主人公」を出してしまうのが一番楽です。
そんなわけで、ライトノベルには男性主人公が多く、漫画には男主人公不在なことも多いわけです。
表現の違いで作れる物語のテイストが違うという話。

でも、当然ながら別に漫画テイストで無理にラノベを書いたって別に問題ないし、漫画のノベライズみたいに上手く小説の表現に合わせるテクニックもあるし、別にダメってことはありませんよ。
それは最適解ではありませんが、そういう新しいチャレンジが新しい流行を作っていくので、恐れずやってみりゃ良いと思います。