特撮の基本的なストーリーから技術を応用する形として、「強敵と戦わせる前に前座として、まずショッカー戦闘員的なザコ敵達を相手に主人公を無双させてザコ敵達を倒しましょう。ザコ敵達を倒した後は次に本命のメインディッシュであるその強敵と戦わせましょう。後はその強敵をどうさせるのかはその人の自由です。この方法をとれば「主人公が弱い」という印象を読者に抱かせずにストーリーを展開させる事ができると思います。主人公がピンチになる展開を入れてもいいですが、主人公のキャラ付けは、みんなが憧れる要素を持ったキャラ付けにした方が良いと思います。例えば「弱きを助け強きを挫く」みたいなヒーロー性を持たせるとか「喧嘩に強い」という印象を持たせるとか「異性にモテる」とかみたいなみんなが憧れる要素を1つくらいちょこっと入れてみると少しは改善すると思います。