こんにちは。のんです。確かに【謎を残しておいた方がわくわく】しますね。わざと設定を隠し、作中にブラックボックスを作り上げるのは立派な手法です。しかし

▼どうしてヒロインがこの病気にかかったのか、どうして18歳の誕生日に死ぬのか、
説明をしないつもりです。

　とのことですが、どちらも説明した方が良いでしょう。先ず前者ですが、理由としましては【宇宙人がこの病気を調査に（地球へ）来ている】からです。

　この設定が作中で出されるのであれば、当然読者様は病気に関わる何かが地球にあると考えます。そして、疑問の解決を期待することでしょう。「病気の原因とヒロインが関係するのでは」なんて憶測も飛び出るかもしれません。絶対必要とは言いませんが、説明するのが無難ですね。

　逆に【どうして１８才の誕生日に死ぬのか】に関しましては、絶対必要です。【宇宙人性毒霧病】にかかった初の人間がヒロインならば、そもそも「理由を発見→１８才の誕生日に死ぬと発覚」の順番ではないでしょうか？

▼「残しておく謎」と「説明しなければならない謎」の違いやさじ加減

　こちらは、他の謎と関わっているかいないかだと思います。その謎を残したまま他の謎を全て説明できる。というもの以外は、変に残さない方がいいでしょう。ブラックボックス化するときは徹底的に隠してしまうものです。