そんな、"伝説の聖剣を手に入れるとひのきの棒の用途がなくなってしまうのが勿体ないです"みたいなこと言われても、ひのきの棒に執着し過ぎなんじゃないかとしか……。
　そんな状況であえてひのきの棒を使わなければいけない状況があるとするならば、
１．伝説の聖剣は厳密にはひのきの棒の上位互換ではない。
２．伝説の聖剣が何らかの理由で使用不可能になっている。
　このどちらかですね。２．伝説の剣とひのきの棒を選べる状況で、１．伝説の剣のほうが使い勝手がよかったら伝説の剣を使う以外の選択肢はありえないので。

　１．の具体例としてはまず、あなたが挙げた『最強フォームは負担が大きい』がありますね。つまり最強フォームのほうが通常フォームに比べてコスパで劣るということですよね。他にも、時間制限があるとか扱いが難しいとか攻撃は強いけど防御が弱いとかいくらでもバリエーションが考えられます。ようするに、勝負の切り札になりうるから最強と呼ばれているけど実質的には最強でもなんでもなくて適切な場面で適切に活用しないと普通に弱い、みたいなやつ。
　あるいは物語の展開次第では、敵の最強フォーム対策が完成していて、意表をついて通常フォームをつかっていくしか活路がないとか。これも特定の敵に対しては通常フォームが有効という意味で、最強フォームが常に上位互換ではなかった、というパターンですね。

　２．はたとえば今後もっと重要な局面で使うために最強フォームを温存しておかなければならないとか、最強フォームを別の仲間に貸していて自分は使えないとか、最強フォームをなんらかの別用途で現在使用中なので余裕がないとか、故障なり敵の攻撃の影響なりコンディションの問題なりで最強フォームが単純に発動できないとかが考えられます。これもまあ展開次第でしょう。

　どっちかっていうと質問を読んで気になったのが、
＞強くなる形は新しい能力が主流です。
　これ、どうなんですかね。表面的にみていかばたしかにそういう物語は多いのだけれど、そういう単純な理解でいいのかな……。杞憂ならばいいのだけれど、主人公の成長物語を"能力を手に入れる物語"と読み替えているんだとしたら気をつけたほうがいいと思う。大半の読者が求めているのは多分それじゃないと思うから。
　余計なことを書いたかもしれない。気に触ったのならば申し訳ない。