まず、
＞人の気持ちと空気が読めず、自己中心的な性格をこじらせて闇落ちした主人公に、暴力を用いたマインドコントロールで真人間に戻す
これのどこが問題ある描写なのかわからないです。
そういう作品、もっとえげつない作品はあるし、どころか、ノンフィクションで胸糞悪くなる内容は大量にあると思います。

＞障碍者の心の闇を主題に扱っていると標榜するこの作品の転換点が【純粋な暴力を、犯罪以外の有益な用途に、魔法という虚構で無理やり転用する】というもので、善いのだろうか、と。
言葉を飾りすぎててわかりにくいのだけど、ようするに「行き場のない障害者の闇を書きたいのに、そこへ魔法っていう不思議能力で暴力を良い方向に転じさせて良いものか？」って話だろうか。
つまり、テーマに対してアプローチが単調すぎないか？　って話かな？
もしそうだとすると、もう一度自分の書き込みを読んでみて下さい。言葉を飾りすぎって書いたけど、同時に難しく考えすぎ。
何度か書いてきたけど、カッコつけて書きすぎ。あなた、日常会話で「標榜」なんて言葉使うんですか？
これはディスってるわけではないよ。
難しく考えすぎ、といってるだけ。

「障害者の心の闇」がテーマなのだから、それを表現する手段が求められる。
ここでは「マインドコントロールによる良識化」を挙げていて、それに悩んでいるという状態。
それがどうという意見は持ち得ません。なぜなら、どうしたいかはあなたの自由だからです。
ですから、これは私個人の話。
テーマが「心の闇」なのだから、それを書かなきゃいけないのに、「マインドコントロールで良識化」と解決させてしまって「心の闇」をどう表現するの、と思う。
かなりの適当案ですが、
「心に抱えた闇に応じて特殊能力を得る」という設定にでもしたほうが、ベタだけどよっぽど「心の闇」を直接的間接的抽象的様々な形で表現できると思う。

＞そうやって、マインドコントロールを『破壊と再生』という有益な手段に転用するという、強引な描写は許されますか？
好きにしたらいいだけだけど、それってテーマである「障害者の心の闇」から派生した回答で、テーマ自体からはズレてますよね。
許されるかどうかで言えば別に許されないことはないと思うけど、それでどうして「障害者の心の闇」が表現できるのかと思うと、ズレてると思う。
作者がズレてない、これでいいと感じるのであれば、問題ないと思います。

＞『人に危害のない、安全な暴力』を描くことで、障碍者への差別が増してしまわないか心配です。
安全な暴力と障害者への差別がどう繋がるのかわからないです。