＞『ＮＰＣの伴侶、または自分のお腹にある体液を消さないためにログアウトしない、という決断は、ゲームをやっていない人には理解されづらいですか？』
ワルプルギスさんと同じく、私も「奇特な人」という認識かな。
NPCの伴侶って、ギリシャ神話で言えばピグマリオンですよね。
あくまで小説として、その読者としては現代日本人の感性で読むから「人間と同等の知性を持ってるNPCを人と同等に扱う」事は良い事のように見えるけど、この事例を逆に現代に当てはめると、抱き枕を彼女扱いしてツーリングしてる重度のオタクと大差ないと思うんで、そういう人は普通に奇特な人ですね。

＞『ＮＰＣと家庭が作れたとして、親族は実在の人物とみなしてくれるのでしょうか？また、そうした人々が社会的少数派になって、社会問題になりませんか？』
設定次第だけど、リアルに考えたら社会問題に、そりゃなりますよねぇ。
NPCってことは、人によって作られた仮想人間ってことですよね。
仮想世界にのみ存在できる人間。
なら、しょせんはデータなのでいくらでもコピーできるし量産できるわけで、理想的な彼氏彼女を勝手に作れば良く、しかも家庭が作れるとなれば現実の異性を求める必要もないわけで、たぶんすぐに規制が入るんじゃないかな……。

でも、子供がどういう扱いになるのかわからないけど、性交渉して子供が作れるってことは、元からそういう機能を有したNPCとして作られているって事だよね。
女性型のNPCを作れば自動的に繁殖機能もついてくるってわけじゃないんだし。
なら、社会問題に発展する前に、アダルトビデオにモザイクがついているように、ゲーム自体にそれなりの規制・自主規制がかかって、繁殖機能はナシのNPCになると思いますよ。
社会問題になったらゲーム会社としても売上的にこまるから、そうなる前に問題が起こりそうな繁殖機能には自主規制をかけるでしょう。
セクハラ行動などは年齢制限でアダルトゲームにしてしまえば回避できるけど、繁殖機能については規制をかけるんじゃないかな。
それでも、どうしても、って人はMODを使って繁殖機能を付与するんだろうな、みたいな。
……とすると、社会問題にならない程度のアンダーグラウンドで、やるひとはやってる程度の「お遊び」として知られてるくらいじゃないでしょうか？

ほんで、その「お遊び」のNPCを嫁ですと紹介してくるわけだから、先の例に戻って、抱き枕を嫁ですと紹介するようなものだよね。
いくら人格があるように見えても、これを家族として受け入れる親は少ないと思う。

ちょっと深読みして勝手なこと書いてみると、
NPCとの恋愛やそういう展開を書きたい場合、「その行為が正常か・異常か」を考えるのが良いと思う。
そこで悩んでの質問のようにも見えるけど、これは設定次第で作者がどのようにでも決めて良い部分。
「正常」なら「その世界観ではNPCと恋をするのが普通の世界」なので、そういう設定を作れば良い。
極端な例では、「人類は染色体異常によって子孫を残すことができなくなった」とか。仮想空間で子供を作り、現実世界で肉のアバターを作って子供がそこに入る。みたいな。
「異常」なら、「はじめての仮想空間で主人公は人間らしい反応をするNPCに戸惑い、人として接している」とか。それを見てバカにしてくるジャイアン的なキャラを出したりして異常である事のアピールと、「ジャイアン的ないじわるキャラにその事実を指摘させる」ことによって、相対的にNPCを人間らしく扱う主人公を良い人のように見せる。とか。
どっちに転んでもどうにでもなるので、まずは「作者がどうしたいか」。
そのうえで、その設定をどうしたらホンモノっぽく見せられるかを考えたほうが良いかなと思う。

ホントは異常なのに、それが正常で良いことのように見えるパターンは、例にしたジャイアンパターンが非常に扱いやすいのでオススメ。