私も同じ症状で悩みました。
あまりに酷かったので開き直りました。

脱線するものだと思ってます(諦めた)
キャラと世界観は作りこみますが、ストーリーはかなり緩くしました。
最初から終わりまでの間に、いくつかの着地点を置いて、そこにたどり着ければ細かいことは気にしないで最後まで書いてから調整してます。

さらに細かくストーリーをプロットで煮詰めてから書き始めたら、さらに強固にキャラが脱線するようになってしまいました。命令されるの嫌いっていう私の性格の反映かもしれないので、一概には言えないですけど。

この状況でこのキャラなら、この選択しないなぁってとき以外は、脱線してもそのまま書いてしまってます。どうしても迷ってしまったら、最初のプロットのものと両方書いて、面白い方をとります。