なぜ「設定だけじゃ魅力があるかどうかわからない」なのかという事を書いてなかったので、補足。
結局のとこ、魅力があってもそれが出せていなければ意味がないわけで、設定時点で「ある」としても何の意味もないためです。

例えば「まったく魅力のない男性が、とつぜんモテはじめる」という話を想定したとき、主人公の個性は「魅力がない」なので、魅力はまったくないハズです。
でも、当たり前の話「イケメン男がモテる話」より「魅力のない男がモテる話」のほうがずっと面白い。
この物語でどっちが魅力的な主人公かと言うと「魅力のない男」の方になる。

では、どういった部分がこの「魅力のない主人公」の魅力なのかと考えると、まあ王道なところで「隠れた才能があった」とか「人柄の良さが地味で目立たなかっただけ」とか、まあ「実は魅力があったんですよ」的な形になりやすいけど、たとえ本当に魅力が皆無だったとしても、どこかしらから捻り出します。
キャラの魅力を見つけて引き出すのは作家の仕事なわけです。
つまりは、魅力はキャラクターの中から作者が見つけるものなわけです。
そもそも魅力があろうがなかろうが、見つける過程は同じなんで、あんま関係ないんです。

ただ、「魅力を見つけやすい設定のキャラ」とか「魅力を出しやすい設定や展開」というのもあります。
言ってしまえば「魅力のない主人公」というのは非常に魅力を見つけにくい設定ですね。でも一方で「モテる」という強いギャップがあるので魅力を出しやすい設定と展開が用意されています。
あまり個性的な強い魅力はないけど、魅力自体は出しやすく、おそらくそれほど書くのに苦労しないでしょう。

……とまあ、ただの例題ならこう言えるけど、それでも魅力を出す（書く）のは作者なので、実際それが出来るかどうかってのは第三者にはわからんのです。
極端な話、逆に魅力はまったく無いどころか胸糞悪いキャラだと感じても、実際作品を読むと「なんやこいつ、いいヤツやん……」なんてなことはよくあるでしょう。
なので、設定だけでは判断できないし、わからんのです。
実際、作品の中で作者がどのように魅力を引き出すか、が問題なので。
だから第三者として言えるのはあくまでソレがやりやすいかどうか、つまり「魅力が出しやすい設定か」というところまで。
そこまでなら技術的な話なので、人によってあまり大きな差はない答えになると思う。

で、更に補足だけども、前の返信でも書いたけど、御作のヒロインに魅力がないというダメ出しを書いたのではなく、例えば妹のキャラクター性は「敬虔なクリスチャンで兄想い」ってことしか書かれていないのでスレッドのテーマになってる「可愛いかどうか」が判断できるほどの設定が書かれていない、そのため判断できない、という情報不足をダメ出ししています。
そんなわけで「魅力が出しやすい設定かどうか」も書いてないし、どうすれば魅力が出しやすくなるだろうかという個人案も書いていません。
結局質問に何も答えられずなので、念押しの補足でした。