このスレの文面は、前半が自作のストーリーがバラバラになってしまったことについて、後半はご自身の創作姿勢についての悩みになっています。とりあえず前者について思ったことを少し書いてみますね。

＞最初のプロットをログラインとして手短に説明すると、『親元から家出した一人息子の主人公が、転移先で美しい女の子を強姦魔に暴行されているところを救い、恋に落ちる。彼女の兄が破壊神になって暴れていることを、彼女を保護する団体の知らせから知り、二人は兄探しの旅へ出る』というものです。

＞オチは「彼女の兄は最初から存在しなくて、破壊神の力に取りつかれていたのはアイルだった」「破壊神の力を不完全に取り入れたことで記憶の一部がめちゃくちゃになり、力に操られて無自覚なサイコパスになり、裏で暗躍していた」です。

これは単なる要約で、ログラインになっていません。この数行の文章からしてすでに内容がバラバラだからです。

ログラインというのは「作者が書きたいことの核心」を、「作者自身が明確に把握する」ために作るものです。

ですから、こんなに複数の要素を混ぜ込んではいけません。ログラインは内容を徹底的に取捨選択し、たった一つの狙いだけにしぼります。その結果、「え？、ここまで削ってしまうの？」と驚くほどのものになります。

サタンさんの返信から失礼して引用させていただきますが、

＞自分のような主人公が差別されてる少女を助ける話

極端に言えば、これがログラインです。
ただし、壱番合戦さんの作品のついての「真のログライン」かどうかはわかりません。サタンさんも私も壱番合戦さんではありませんから、作品の本当の狙いが何なのかはわからないからです。

あくまで「他人からみた想像」としてなら、私もサタンさんがおっしゃっているように「自分のような主人公が差別されてる少女を助ける話」が書きたいというのが壱番合戦さんの本音なのかなとは思います。

しかしですね。次、ちょいと私の個人的な見解になってしまうかもしれませんが、

作者の願望と作品のコンセプトは違うんじゃないかと思うんですよ。

願望をコンセプトに変換することも可能でしょうが、それにもテクニックが必要です。少なくとも自分自身の願望から距離をおいて客観視できなければ上手くいかないと思います。

さて。
そんなことを考えながら壱番合戦さんの要約をもう一度見てみますね。

＞親元から家出した一人息子の主人公が、転移先で美しい女の子を強姦魔に暴行されているところを救い、恋に落ちる。

これはログラインとしては不要です。「親元から家出した」「一人息子」という要素に何か重要な意味があるのでしょうか？　作者の頭の中ではあるのかもしれませんが、少なくともこの要約を読んだだけでは分かりません。
だとしたら、

重要だと思っているのは根拠の薄い思い込みで、実はさほど重要ではないのかもしれない。

そう疑ってみることをお勧めします。
疑ってよく考えた結果、「やはりこれはとても重要だ」という結論になるなら、それはそれでいいのですが。
そう結論づけたとしたら、「家出」や「一人息子」ということが主人公にとってどういう意味があるのか再確認できたはずですよね？　それはストーリーの根幹に関わる何らかの心の闇、疎外感とか劣等感とか、そんなような何かなのだと思います。
だとしたら重要なのは家出とか一人息子とかいうような具体的な事象ではなく、それにつながる主人公の心の中の何かだとわかります。

ログラインというのは、作者自身が自作を振り返ってそういったことに気がつくために作るものです。

＞美しい女の子を強姦魔に暴行されているところを救い

「美しい」が重要なら、「美しくなければ助けなかったの？」という話になってしまいます。これは「作者の願望」か「読者サービス」のどちらかと思われます。
「強姦魔に暴行され」も、ヒロインが強姦魔の劣情を誘う強烈なフェロモンでも発していて、それがストーリーの核心的な部分に関わっているのでなければ不要です。
重要なのはヒロインが何らかの理由で差別されているということなので、強姦魔云々はそれとあまり関係ないんですね。強姦魔なら差別されていない少女でも襲うでしょう？　実際のストーリー展開の中では強姦魔に襲われたことにしてもかまいませんが、そのエピソードは「置き換え可能」であり、本質ではないということです。
　要するに主人公が差別されている女の子を救い、その結果どうなるのかを端的におさえることがログライン・レベルとしては重要です。だから、

＞自分のような主人公が差別されてる少女を助ける話

こちらの方がログラインらしいと言えます。

ところで。

壱番合戦さんの要約には、もう一つ重要なシークエンスがあります。

＞彼女の兄が破壊神になって暴れていることを、彼女を保護する団体の知らせから知り、

＞彼女の兄は最初から存在しなくて、破壊神の力に取りつかれていたのはアイルだった

これは、悪くないアイデアかなと。
こういうドンデン返しは必ずしも珍しいものではありませんが、謎を提示してラストでひっくり返すストーリーはそれなりに需要があると思います。真相をうまく隠すことに成功すれば、けっこう面白い作品に仕上がる可能性があります。

まとめると上記の要約から窺われるこのストーリーのログラインは、

（１）主人公が差別されている少女を助け、その結果～～になる話。

（２）ヒロインが主人公と共に破壊神になった兄を探す旅に出るが、実は兄は存在せずヒロインこそが破壊神に取りつかれていたことが明らかとなり、悲劇的な結末をむかえる話。

このどちらかということになります。（１）と（２）が複合するストーリーを作ることも可能でしょうが、あくまでどちらかを主軸とし、主軸の効果を損なう要素が入り込まないように注意する必要があります。（１）には願望充足的な狙いがあるのでストーリーは王道的な方がよく、一方（２）は展開の面白さや意外性を優先させるために読者の期待は裏切る可能性があり、よって王道とは相性がよくありません。それゆえ欲張って「いいとこ取り」をしようとすると破綻してしまうんです。

もし御作をさらにリニューアルするなら、以上のことに留意してストーリーの主軸と枝葉を取捨選択してプロットを組みなおしてみるといいように思います。その際、ブレない単一の狙いを明確に意識して、それにそぐわないエピソードや設定は未練なく捨てることをお勧めします。