少年向け（というか一般向け）と少女向けの双方に共通して人気の要素が一つあります。
それは恋愛です。
でも、両者の恋愛模様は明らかに違います。
少年向けは女キャラが主人公（男キャラ）に恋をしていることが多いし、少女向けは男キャラが主人公（女キャラ）に恋をしてることが多い。
そして少女向けは感情の動きが多く、少年向けは展開の動き（行動）が多い。
正しくは、少女向けは、ではなくて、女流作家は、だと思うけど。
これは単なる傾向でしかないけど、つまりは「感情の動きをメインに話が展開しそうな内容」だと、設定内容にもよりますが、女性向けと考えられるかなと思います。
なので、設定時点で、極端にホモホモしい設定であっても、行動で進展していく展開だと「BLの皮をかぶった男性向け」と思います。

「恋愛」は例にしただけで恋愛要素の有無の話ではなく、男向けと女向けの恋愛模様の違いを見てみれば、それがどの要素にも当てはまる「違い」だろうと思います。

＞女性が主人公で戦闘は難しいですか？
何も問題ないです。
でも、確かに「女性が主人公」の男性向け小説というのは若干テクニックが必要だと思うし、少なくとも男性読者は「主人公に感情移入がしにくい」となるので、前例はいくらでもあるけど、だからといって簡単に手を出せるほどでもないと思います。
主人公に感情移入するタイプの書き方ではなく、主人公たちを外側から眺めても面白いという書き方をしないと難しいですね。
ええっと、主人公グループに入りたいと思える感じじゃなく、主人公グループを見てるのが楽しいみたいな感じ、と言って伝わりますかね？

＞少女向けだから無理
これはセーラームーンにプリキュアにと他の方も言ってるように、無理なんてことはありません。
というか、「少年向け」を作ってるんですよね？　だったら「少女向けだから無理」というのは話が違うんじゃ？
少女向けのセーラームーンやプリキュアも、男性ファンは少なくない。そういった層を想定した「少年向けのプリキュア」と考えりゃ、「少女向けだから」という指摘が間違いなのでは。