ラノベでアニメ化までしたやつを思い出しました。「アリソン」「リリアとトレイズ」「一つの大陸の物語」シリーズですかね。

あれはアニメが「アリソンとリリア」という、明確な二世代の物語と知らされていたことと、アリソン編の最後がなかなか尾を引くつくりだったので、わかりやすく受け入れられましたが。
他の方も言っていますが「とりあえず一世代ごとである程度の物語の山場とオチをつける」のが大事なんじゃないでしょうかね。