にわとりさん、こんにちは。サイドです。
返信いただき、ありがとうございます。

>奥手だった主人公が自分の気持ちを友人にさらけ出せるようになる（＝自信を持てるようになる）のがストーリーから導かれる主人公の成長であるべき。
>これは、キャラを作って陽気に振る舞うこと（＝陽キャになること）とはまったく異質で、むしろ真逆に近い。

「奥手だった主人公が自分の気持ちを友人にさらけ出せるようになる」というご指摘に関しては、主人公は最終的に好意を寄せてくれていたヒロイン達から一人を選び、自分の気持ちをさらけだす形で終わるので、何とか形にはなった感じがしています。
そこまで書き終わってから見直すと、書いてきたものが「陰キャ→陽キャへの物語」というより、単純に主人公が本音を言える状態になることが目的となっていたと思っています。
なので仰る通り、キャラを作って陽気に振舞うことはなく、性格は変わらずダウナーなままです。

＞内向的で押しが弱い性格のままでも友達はできるしクラスのなかで居心地よく楽しくやっていくこともできる。

僕が勘違いしていた点は「内向的で押しが弱い性格のままでも友達はできる」だと思います。
学生生活を思いっ切りおう歌している陰キャ（言い方がちょっと悪いですが……）や、思いっ切り苦しんでいる陽キャもいると思います。
で、主人公が目指すべきは当然前者なワケで、この辺りの詰めの甘さが出た感じです。

＞主人公は臆病さゆえに、すべての人間関係を絶って問題から目をそらそうとする→しかし、そんな結末は主人公もヒロインも望んでいない（ヒロインたちとの交流によってそのことに気づけるまでに成長している）→最終的には臆病さに打ち勝って積極的に動き、問題を解決する（＝主人公の成長が証明される）、という流れ。

プロットの流れはほとんど仰る通りです。
付け足すとしたら、問題を解決した後の主人公の性格でしょうか。
さすがにここは最後のエピローグで出すので、ここでは書けませんが、不自然に乱高下はしない形にはなれたと思っています。

＞ラブコメのヒロインってことは主人公に少なからぬ好意を抱いているのが通常だと思うのですが、そういう相手の前で「僕のことはどうでもいいから、君には幸せになってほしいんだ」みたいな態度をとったらどうなるでしょう。

この辺りの朴念仁さは「マージナルオペレーション」という小説の主人公にかなり影響されています。
彼は子供達の幸せを心から願いますが、その中の女の子から好意を寄せられていることには極度に鈍感ですし、「自分なんてどうでもいいから」をすると、よく噛み付かれています。（笑

＞陰キャ／陽キャとかスクールカーストのことは一旦忘れて、「主人公はヒロインたちとどんな関係を結んでいきたいのか」「その目的のために過去のトラウマを乗り越えられるか」みたいなところを軸に組み立てていくのがいいと思いました。

プロットとできあがっている分を見直したんですが、根本の目的の「主人公が好きになったヒロインに気持ちを告げること」からは、何とか脱線した形にはなっていないようです。
その上で、過去のトラウマ、現在の悪い噂などを織り交ぜて、ヒロイン達と乗り越えることを目指す形ですね。

＞悪い噂が広まるくだりで、主人公への陰口として「陰キャのくせに女子と仲良くしやがって」「カースト底辺のくせにモテるなんて許せない」みたいなのはあっていいし、登場人物がカースト思考にとらわれているのは別にいいのだけれど、この話の核はそこにはないという気がします。

はい、話の核は先述した「気持ちの告白」なので、そこへの導線として過去のトラウマ、現在の悪い噂があるという形です。
なので、陰キャ→陽キャにこだわりすぎたのは、なんだかなー、と頭を抱えているところです。（汗

重ねて、ご指摘をいただき、ありがとうございました！