おはようございます。のんです。

何事にも例外はありますが、私はこの主人公が真のダークヒーローになるのは、闇堕ちか悪堕ちと呼ばれる展開だと思いました。

元々自分は悪くない、仕方ないんだと言い聞かせなければ汚い仕事ができなかったのであれば、主人公は善よりの人間です。
それがヒーローといえどダークへいく、例え理由があったとしても自ら悪に手を染めていくわけです。こういうと初期と変わっていない気もしますが、おそらく悪事の規模とかが変わるのでしょう。

主人公は悪事をすることに抵抗しておらず、言い訳していますので、悪事の規模を拡大するならそうせざるおえないように追い詰めればいいと思います。
やっていくうちに感覚も鈍っていくことでしょう。元に戻らない闇堕ち・悪堕ち路線です。

外的要因から追い詰められなし崩し的に悪堕ちするのではなく、主人公の意志でもってダークヒーローに転身したい。という場合は、他の方も言っておられました信念をもたせるといいかと思います。

死にたくない。生きるためだ。とかは生物的に仕方がないことですので、言い訳にするには説得力が強すぎます。もっと個人的な拘りがあるとダークヒーローらしいですし、生存欲求よりも共感しやすいです。

拘りさえ捨てれば他の道もあるにも関わらず、拘りを捨てずに悪へ行けば、それは仕方がない事ではなく主人公の意志です。

仮にもヒーローなので責任を負わせればらしくなるのではないでしょうか。

そういう形では、言い訳ばかりで無責任だった主人公が責任をもつようになる。というのも良いかもしれません。