「学園モノ」とは言いますが、「学校モノ・高校モノ」という言葉はあまり聞かない気がしませんか？　これは通称のようなものです。
一般用語としての「学園」は、厳密に追求すれば多少は細かい定義も見つかるかもしれませんが、普通使われる意味として「学校」とそれほど違いはないはずです。物語のジャンル名としては、学校よりも学園の方が何となく気取った語感があるから多用されているにすぎないのでは。

で、統一するべきかというご質問ですが。
そんな程度のただの通称に本編内の用語を無理に統一するのは本末転倒でしょう。高校なら高校と書いた方が自然だと思います。
かと言って、本編内で高校と書いているからといって「高校モノ」とするのも違和感があると思います。

よって、統一する必要はないし、無理に統一しようとするとどちらかが不自然になるから、

◎そんなもん、統一しちゃダメよ。

が結論になります。