朝の書き込みからの続きになります。もう少し具体的に御作の冒頭に沿ってみていきます。
示された部分の内容をまとめると、

１）少年と少女が夜更けの林の中を歩いている。

２）二人はとある秘密結社の異なる支部に所属している。少年は改造人間である。（少女も改造人間？　ここ、ちょっと曖昧ですね）

３）少年は少女に誘われて、白い触手をもつＵＭＡを見るために沼に向かっている。

４）少女は沼に向かう本道を通らず、そのためちょっと迷いかけた様子。少女＝方向音痴疑惑も浮上するが、少女が何か隠している気配が垣間見える。

５）沼の反対側に懐中電灯を手にした数人の人間がいる。少女は彼らに見つからないようにわざと裏道をたどってきたふしがある。

６）沼にいるのはＵＭＡではなくお化けであるらしい。

少し前にこの掲示板でストーリーの本筋とは何かという話をしたのですが、以上が示された部分の本筋と思われます。もっとも情報が不足して判断しきれない部分もあるので、私の読み違い、または他に重要なポイントなどがあったら教えてください。ただしストーリー展開の話としては、序盤で情報が十分でないことは普通なので問題ありません。

情報不足は問題ありませんが。
読者に興味を持ってもらうために、先に気を持たせるようなタネはまいておきたいところです。なおかつ、そこはしっかり印象づける必要があります。読み流されてしまったら何にもなりませんから。

で。
仮に上記の１〜６がそれほど的外れではないとしたら、先の展開につながりそうなポイントは４ではないかと思いました。少女が何か隠しているというところですね。隠し事があれば、それが明かされていく過程だけでもストーリーになります。つまり、４で少女がごまかすような言い方をした部分で「何かフラグが立った」と見たわけです。合っているでしょうか？

そうだとすると、先の書き込みでも触れましたがメタ発言の多用はちょっと邪魔かもしれません。それらが目立ちすぎてフラグが埋没している感じがします。
先にも書きましたがメタ発言はスレ主様の持ち味にもなり得るでしょうから否定はしません。しかし、どこでどう使うかという匙加減は慎重に考えた方がいいと思います。現状ではあれがノイズになっているきらいがあり、文章が読みにくくストーリーが分かりづらくなってしまっています。読者の頭がまだ白紙の状態の冒頭ですからなおさら致命的です。

次に、これも先の書き込みで触れましたが、小説と動画の違いを測りかねているのでは、ということについて。
ここまで述べてきたように１〜６の内容にはある程度先の展開を期待させる要素が含まれていると感じたのですが、それとメタ発言をのぞくと、このシーンは少年と少女が林の中を歩いているだけです。

……いや。秘密結社の改造人間とかＵＭＡとかけっこうぶっ飛んだ要素もあることはあるのですが、それでいて全体の雰囲気は子供たちが誘い合わせて肝試しでもやっているような平穏さにつつまれているので、今のところ浮いている感じです。

ところがこれが小説ではなくアニメなどであれば、平穏に林の中を歩いているだけでも何とかなってしまうこともあるんですね。理由は簡単で、絵という鮮烈なツールがあるからです。「百聞は一見に如かず」とはよく言ったもので、キャラ達がおバカな会話をしていてもノイズになって状況が分かりにくくなったりしないし、林の中の風景も作画によってはそれだけで視聴者を楽しませることが可能です。しかし文章だけの小説ではそれらは逆立ちしてもできない表現なので、キャラの分かりやすい行動やフラグを目立たせるなどに注力する必要があるのだと考えます。

最後にメタ発言・ギャグ要素について。
何度も繰り返しますが、スレ主様がこれを武器にしようとしていらっしゃるのなら他人から否定するようなことではありません。ニコニコでうけていたとのことですし、小説でもうまく使いこなして読者にうけるなら正義です。
ただ、一般論としてあの手法は取り扱い注意の危険物ぎみかなとは思うので、少しだけ指摘しておきます。
他の方からもナレーションのようだというコメントがありましたが、特に地の文に作者が顔を出してキャラと会話しはじめたあたりです。なぜ危険物かというと、ああいうのは読者にわざわざ作者の存在を思い出させてしまうという手法だからです。むしろ読者には作者の存在を忘れて物語世界に没入してほしいところ。その没入感の妨げになりかねないことを危惧してしまいます。
ですがこの点は異論もあるところでしょうから、当方の持論を押し付けるつもりはありません。考えられるデメリットと秤にかけて判断していただけばよいかと思います。