＞アリスモチーフが流行っているのでしょうか？
アリス、というか「不思議の国のアリス」モチーフですかね。
言うまでもなく「アリス」は英語圏と確かフランス圏で一般的な名前ですが、日本においては「不思議の国のアリス」から知名度が高いかと思います。
アリス＝少女 という印象もこのためですね。
で。
ここに英語圏と日本において「アリス」という名称に認識の違いがあるわけですね。
ようするに、日本で「アリス」と言うと「夢の中」とか「不思議な」とか「奇妙な」とか、そういう意味合いを持つわけで（当然のこと「不思議の国のアリス」の印象から）、まあ、近年に限らずものすごく幅広くモチーフに使われています。

今現在、特別流行ってるようには思わないですが、まあ、不思議とこういうモチーフのカブりって集中することもあるので（例えば人気ゲームでアリスっぽいキャラが人気になって、影響を受けた人がアリスモチーフで企画を立てたりすると、同じこと考える人は何人かいるので、まあカブる）、流行っているというわけではないと思います。
今はまだモチーフがカブっただけなので、この第一陣の中の何かが流行れば「アリス」ないし「アリスに付随するイメージ（夢・不思議・奇妙）」の流行が始まるのでしょう。
でも前述した通り「アリス」は広く使われているので、大ヒット作が出てもモチーフの爆発的な流行はないと思う。

それと、
＞少年誌もその影響を受けており、部数が減る一方で婦女子のおねえさんが流入し
これはどっちかってーと少女漫画のほうが顕著だったと思う。
私が小学生くらいの昔の話（セーラームーンの連載が始まった頃）だけど、少女マンガというと、今で言う王道テンプレな少女向け恋愛漫画ばっかだった。
今も大方はそうだと思うけど、そもそもセーラームーンの登場で「バトル」という少年漫画の展開を少女漫画に取り入れて、それを上手く少女漫画テイストに仕上げ（タキシード仮面とか、そのキャラのポジションを発想できたのがすげえ）、セーラームーンに続けとばかりにCLAMPの「レイアース」が始まり、当時は「ひみつのアッコちゃん」や「魔法使いサリー」あたりのイメージが強くて古臭かった魔法少女モノを発掘し「カードキャプターさくら」を描いて、これがターゲット層の少女だけでなく男性にもウケて、「少年向けのバトルを取り入れた少女向け魔法少女モノ」を更にバトルに特化させて「魔法少女なのに熱いバトルをする男性向け」とした元エロゲの「魔法少女リリカルなのは」がヒットして……と。
もちろん男性向けの物語もこのように強い影響を受けることはありますが、「俺自身見てて面白いと感じるし、これ男性向けでもいけんじゃね？」と思うのはすなわち「先に少女漫画など女性向けで実践してる」からではないかな、と思ったり。
少女漫画って結局のとこ恋愛に終始するので、やれる事が意外と狭くてやりつくしてるトコがあるんですよね。
売上部数的に少年誌とは比較にならないほど低かったと思う。
雑誌の中で別作者の別漫画を読んでもやってることはあんまり変わらない、みたいな時代もあったんですよ。
なので、そういうトコをなんとかしようと別ジャンルから借りてくる工夫は少女漫画にはけっこうあるな、と思ったり。