「そんな子が主人公を雇うようなポジションで違和感がないか？」ですが、

包容力があって庇護欲のある子を、主人公が守ることになるのはおかしいってことでしょうか？
うーん、その疑問を上手く使っちゃうのも、手かもしれません。

「なぜ、僕なんかを雇ったんだろう？」みたいな疑問を主人公に抱かせるわけですよ。
物語が進むにつれて、その謎が解明されるように伏線を仕込み、後半で話が盛り上がるように仕掛けるのも面白そうです。

と、私は謎要素が好きなので、こんなことを書きましたけど、
あまり解決になってなかったら、ごめんなさい～！

ではでは、失礼しました。