以下のような構想の作品と見受けます。(5分くらいてパッと読んだ程度なので間違ってる可能性あり)
・コンセプト小説(あるコンセプトを具体化した作品)
・ボーイミーツガール
・ローファンタジー
・フラグシップヒロイン構造(物語の変化を特異的なヒロイン一人に担わせる構造)

コンセプトから作っているなら、作品全体のまとまりは取れているはずなので、足りないのは物語の方向性だと思います。

おそらく大目的がないのが問題かと思われます。主人公やヒロインが最終的にどこに向かおうとしているのか提示できていないことが、物語のフワッとした感じたを作ってしまっているのだと思われます。

「学校生活で彼女をつくる！」のようなどうでもいいことでもよいので、主人公に物語を通して達成したい目的を持たせるとよいかと思います。また、今作は友人が二人いるので、三人に同じ目的を共有させるのもありです。

あるいは、フラグシップヒロイン構造なので、ヒロイン側に強い目的を持たせるのもありかと思います。ヒロインの達成したい目的に主人公たちを強引に付き合わせて物語のを進めていくのも自然なストーリー展開を作れると思います。