ワンピースのルフィは参考になりませんか？
あのキャラは、なまじっかな相手ではまるで勝負にならないほど強いです。しかし、

・海楼石に触れると能力が使えなくなる。
・少数ながら、ルフィよりも強い敵が存在する。

などの設定があります。また、

・例えばドフラミンゴ・ファミリーの幹部だったシュガーというのがいます。一見幼女の姿をしていますが、触れた者を玩具に変えてしまい、しかも玩具にされた被害者は全ての人間の記憶から消えてしまうという、かなりイヤな能力を持っていました。
ルフィの強さは超チート級ではありますが基本的に筋肉系なので、こういう能力にはやられてしまうだろうというイメージがあり、シュガーがからんできたシーンではけっこうハラハラしました。

というわけでピンチを作る方法は色々ありますから、遠慮なく主人公無双させてしまってもかまわないと思います。