設定を拝見しました。ポイントはわりとはっきりしているようです。
主人公とヒロインが協力しないと虚無を倒すことができない。ここですね。

で。
そういうことなら主人公とヒロインが仲が悪いことにすると話が面白くなります。ほぼ一択じゃないかな。

仲が悪い理由は軽いノリからシリアスまで色々。ヒロインがツンデレ気味でいちいち主人公に突っかかる程度でもコミカルな作風なら有り得るし、もっと深刻にするなら過去に何かあって一方がもう一方に対して絶対に許せないと思っているとか、素性や価値観の違いから互いの行動を認めることができないとか。
反目の内容はマクガフィン（置き換え可能な要素）でいいんです。反発しあっているのだけれど、虚無を倒すために一緒に行動せざるを得ないという状況が、仲が良かったり信頼しあっているよりドラマを生みやすいんじゃないかと。
そういう考え方です。