要するに、主人公のキャラクター性が読者層のそれとかけ離れているから、共感や感情移入してくれるかどうか不安だ、ということですよね。
こうしたお悩みはちょいちょいありますが、別に読者は主人公の設定に共感するわけではないので、そこを間違えなければ問題ないと思います。

というのも、
例えばスレ主さんは、クラスのいじめられっ子が校舎裏で不良に絡まれてる場面に遭遇したとします。スレ主さんはどのように行動するでしょうか？
イジメは良くないと不良に立ち向かい、いじめられっ子を庇うような行動を取るでしょうか。
理想はそうかもしれないけど、現実はというと、おそらく多くの人は見てみぬふりをする。気づかれないように逃げて、近くの教師に言いつけるくらいはするかもしれない。そんなところじゃないでしょうか。
では、ここで物語の主人公を考えてみましょう。
いじめられっ子が不良に絡まれてる現場を見て、逃げるようにその場を立ち去る主人公と、
逆に、不良に立ち向かっていじめられっ子を助けようとする主人公。
どちらの主人公がスレ主さんは共感できますか？
おそらく、後者の「イジメに立ち向かう主人公」ではありませんか？

でも、後者と答えるのはおかしいと思いませんか。
なにしろ「多くの人間は見て見ぬ振りをするだろう」と思われるのだから、それに近い主人公像のほうが共感を得られるのであれば前者の「見て見ぬ振りをする主人公」のほうが共感を覚えるハズではないでしょうか。
しかし答えは違うのだから、すなわち、「読者と近いほうが共感が得られる」という前提に間違いがあるのではないでしょうか。

読者と近いほうが感情移入しやすい、というのは事実だと思います。
でも、これはあくまで「しやすい」というだけで、「感情移入できる」というわけではありません。
感情移入や共感は、そうした主人公の設定ではなく「主人公の行動・選択」によるところが大きいと私は考えています。
例えば読者層と大きく離れた「ゲスい男」をテーマにした主人公像を考えると、この時点では「共感しにくいキャラ」でしょう。
では、物語の中で「領民を人扱いせず若い娘を辱めて悦に入る貴族を、ゲス主人公は被害者である領民さえドン引きするような手段で罠にはめる」という行動を取ると、これはこれでスカッとするし被害者にさえドン引きされる絵ってのも面白いし、おそらく読者はそれなりに共感できますよね。
設定を省いて要点を抽出すると、主人公の行動は「悪い貴族から領民を助けた」というものなので、それ自体は「イジメ」に例えたように「立ち向かう主人公像」になっているので。

読者と近い個性など設定面は、あくまで「感情移入しやすい」というだけ。
例えば、バイトの面接で隣の席に座ってる人が「同年代の同性」と「２０以上も歳が離れてる異性」ではどっちが良いと思いますか？　どっちが一緒に働いてて「友達になれそう」と思います？
この「感情移入しやすい」というのは、言い換えると「親近感は得られる」という程度の話に過ぎなくて、
でも、実際に「歳が離れてる異性」とバイトで一緒に働いてみたら気のいい人で趣味がめっちゃ合うし話が弾む、なんてこともあるわけで、「親近感」の程度がそのまま「友人になりやすい」という話にはならんでしょう。
つまり、「感情移入しやすい」だけである事が、そのまま「感情移入・共感できる」わけではないし、「感情移入・共感のさせかた」を作者が知っていれば、別に主人公の個性などなんでもいいし、鬼畜外道のゲス男でもなんら「感情移入・共感」には問題はありません。

では、どうしたら共感できる主人公（の行動）を書けるか？　というと、
現実では批判されやすい思考ですが二元論で考えてしまうと良いです。
要するに、敵と味方、善と悪、このように主人公が取る選択肢をわかりやすく二択にしてしまえば、「どちらの行動が読者に支持されるか？」という悩みの回答を得やすいです。
「読者に支持される主人公の行動」は端的に「共感を得ている（から支持される）」ので、複雑な要素が絡む複数の選択にするよりも二元論で考えて二択にしてしまったほうが支持されやすい選択が見えやすい。
まあ、現実には「支持はしてるが共感は出来ない」って回答もあるので、二元的な思考は実際にはあまり良い方法ではありませんが、ようするにこの話のポイントは「選択肢を絞れば良い」という事です。
「主人公の行動は？」と考えるのではなく、現状の俯瞰図を見たほうが選択を絞りやすく支持されやすい選択を取りやすいかなと思います。

結局持論ばっかだけども、最後にまとめとしてご質問に回答すると、
＞個性と共感のバランスはどのように取れば良いでしょうか。
個性に振り切ったほうが良い。
共感はそうした設定から得られるものではないため、主人公の行動で共感が得られるように物語を展開させましょう。