はじめまして。
粗筋と追加の設定説明を拝見しました。すでに多くの方から意見が集まっているので今更とも思いますが、私からも少し感じたことを書いてみます。

プロットをこちらに持ってきたことについては、個人的にはさほどの問題でもないような気もしますが、まあ、それはさておき。

＞最後に真実を詰めすぎて序盤がつまらなくなってしまうでしょうか。

まず、この点について。
真相開示を終幕におくのは当然でしょう。早めに明かしてしまったら興ざめですから。

序盤がつまらなくなるのではとご心配のようですが、ラストに明かされる真相があるということは、逆に言えばそこまで主人公はフェイクの情報に騙されていたとうことになるわけで。そもそもそのために異世界に召喚されたのだから、仕掛けは冒頭から始まっていることになりますよね？　それを意識して伏線をまいていけば、そのまま読者に興味を持たせる「謎」としても機能するんじゃないかと。

そういうことの具体的な好例として、いつも言っているのですが『魔法少女まどかマギカ』が絶好の参考になると思っています。あの作品では序盤から段階的に真相に近づいていく流れが、そのままストーリーになっていました。

で、ですね。
あかつきさんが構想されている作品の一番のウリは何ですかと質問されたら、どう答えるでしょうか？
最初に示された粗筋では、それが見えないんですね。

面白いかどうかではなく。

あかつきさんが読者にどういう面白さを提供しようと考えているのかが重要です。

実際に面白いかどうかなんて、書いてみないと分からないですよ。でも、少なくとも書き手自身が「ここは面白いんじゃないかな？」というのを何か温めているようじゃないと。

それと注意してほしいのは、粗筋や設定を長文で詳しく書けばいいというものでもない、ということです。
サタンさんへの返信に、

＞15000文字を超えるプロットを1500文字程度に圧縮したため、

とありましたが、「これが一番のウリ」「ここが面白いはず」というのをしっかりと持っていれば、それを説明するのにその気になれば1500文字も必要ないくらいですよ。
最初の粗筋は、省略したと言いながらけっこう不要な情報が書かれていました。

例えば、

＞主人公は異世界に召喚された。日本にいた時の記憶は転移中の肉体改変によりほとんどなく、ただ召喚された世界が自分のいた世界と違うということだけはわかっている。召喚理由は約100年前に世界に突如現れた魔族及びそれを従える魔王を討伐するため。

ここで重要なのは、「異世界に召喚された」「肉体改変」「召喚理由は魔王と魔族を討伐するため」くらいでしょう。日本にいた時の記憶がほとんどないというのも、先のストーリーを読むかぎりあまり関係ないので省略していいです。

＞魔族は強かったが仲間の協力のもとなんとか討伐。しかしより強力な魔族が出てきて苦戦、倒したと思いきや致命傷は負わせられなかった。そこで出てきたのが最高ランクの冒険者で、あっという間にその魔族を倒す。

＞力不足を感じた主人公は

苦戦したり何とか倒したりという経緯は本編では盛り上げるために必要かもしれませんが、要点ではありません。苦戦したことにより力不足を自覚した、で十分です。
「最高ランク冒険者」というのも、この粗筋ではこの後まったく登場しないので不要かと。
ひょっとすると、サタンさんへの返信に書かれていた「トップ２」というのがこのキャラなのかなとも思いましたが、このキャラの存在がストーリー上重要ならそこを粗筋に盛り込まないと。上記のような余分な情報を減らせば十分1500字にまとまるはずですよ。

粗筋の書き方に長々とクレームをつけられるのはご不満かもしれませんが、的確にプレゼンテーションできるというのは自身の作品をよく把握している証左なので、けっこう重要なことだと思います。

ヒロインが最初以外まったく登場しないなというのは私も思いました。実は重要な役割があるのだということですが、重要なら粗筋に書かないのはまずいです。
重要なら短い粗筋でも入れる。重要でないなら長い粗筋にも入れない。それだけです。
そのへんの過不足がかなりあるため、書き手としてこの物語で何を一押しで伝えたいと考えているのかが見えてこないんです。

最初の粗筋で、ここがポイントなのかな？と思えたのは、一つだけ。
主人公に対する神と魔王の立ち位置が、後半またはラストに逆転することです。流れとしては悪くないですが、必ずしも新味のあるアイデアではないので、もう一つプラスアルファは欲しいかなと感じました。
それと、この基本的なコンセプトと、ポイントポイントで出てくるキャラや状況の関係が、もう一つよくわからないです。
例えば、竜は神に創られた存在で神に背けないから、主人公を攻撃するのをやめ、「真実」の一部を主人公に教えたと。
しかし、ラストで神は悪しき存在だとわかるので、じゃあ竜はどういう心境で神に従っているのか気になったのが一つ。サタンさんへの追加説明でそこに言及されていましたが、話が詳しくなっただけでピンとこないのは同じでした。そして、その結果として竜がどんな行動をとるのかが、粗筋（簡単な方も詳しい方も）を読んでも書かれていないようなのも物足りないです。
また、魔族はマイクロチップだかナノマシンだかを埋め込まれて神に操られているようですが、それならどうして今になって神が彼らに手を焼いているのでしょう？
人間が予想以上に弱かったとのことですが（笑）、もともと人間が魔族に苦しめられているところを助けてやって自分を信仰させるというマッチポンプ作戦なんでしょう？　問題ない気がしてしまいますが。
そう考えると、神がわざわざ主人公を召喚して肉体改変した理由もイマイチよくわかりません。神の目的は魔王を倒すことではなく、魔王を利用して自分の威光を高めること。ならば、神にとっての主人公の存在価値も、あくまでそのシナリオに沿ってどういう役割を期待しているのか、そこを明確にした方がいいと思います。

で、最初の話に戻りますが、ラストに明かされる真相は神がどういう存在で何を企んでいるのか、そのために人間や魔族がどのように利用されていたのかということだと思います。
それを隠ぺいするフェイクがストーリーそのものになるんじゃないかと最初に書きましたが、仮にそうじゃないにしても、何か一つ物語の軸になるようなコンセプトを書き手は明確に意識した方がいいんじゃないかと思うんですね。
ヒロインやトップ２冒険者や竜の意思や行動も、すべてそれに絡んでいくように話を組み立てればいいんじゃないかと。