基本的には変わらないけど、大きく違う点は「目的」の捉え方。
勇者が魔王を倒しに行く話だと最初から最後まで「魔王を倒して世界を救う」というのが目的。
一方、旅の途中でトラブルに巻き込まれて～という場合は、そのつど目的が変更・更新されていく。
主人公の目的は「旅（強くなる旅とか適当に）」その中で「困ってる少女と出会う」という展開になると目的が「少女の問題を解決する」に変化する。
そして「少女が誘拐されて」となると「少女をたすける」に更新される。
「少女は古代遺跡のうんたらかんたらで悪の秘密結社が～」となると、「少女をたすけるため秘密結社を壊滅させる」に更新。
「秘密結社は少女を諦めて古代遺跡を暴走させ～」となると「古代遺跡を止めて世界を救うことになる」と最終的な目的に到達する。

最初から大目的を掲げて邁進するか、目的を更新しつつ最終的に世界を救うことになるか、という違い。
心得というほどでもないけど、説明した通り目的が変更・更新されていくので「どの時点で目的が変わったか？」が読者に正しく伝わらないと「こいつら何してんの？」状態になってしまう。「少女は助けたやん。さっさと帰れや。アホかコイツ」みたいな。
だから目的の更新はわかりやすく「少女が誘拐された」とか、「ならそれを助けに行く以外にないよな」的なわかりやすいものが好ましいと思う。
でなけりゃ「目的」ごとに一区切りを作ってそれぞれを一つの話にまとめてしまうのが良いと思う。

まあ、巻き込まれるタイプの話だから、主人公を選ばないのはメリットじゃないかなと思う。
大人でも少年でも成立するし、内向的な性格でも「巻き込まれた」のだから「子供が一人で魔王城に突入するわけないじゃん」的なツッコミもない。
例えばサトシがジムで「伝説のポケモンが～」って話を聞いたら、まあ見に行こうぜくらいはあるかもしれんけど、積極的に介入しようとはしない。
けど、「巻き込まれた」のならこの時点で既に介入しているわけだから、主人公を選ばず物語が成立する。
あと、物語を量産できるのもメリットかな。
魔王を倒す大目的があると、魔王を倒した以降は話が閉じちゃうので、どうあってもそこで終わり。そこからの続刊は外伝とか別主人公とかになっちゃう。
でも、巻き込まれるタイプは巻き込まれただけなので「古代兵器が～」で世界を救う、次は「海底神殿で海の姫が～」で海の蒸発を防いで世界を救うでもいい。
「旅をしています」という体が守られれば、適当なテーマをぶっこむだけで適当な話が出力できる。