そもそもルートが違うと思う。(;´∀｀)すげぇ解釈や・・・。
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ポケモンにおいて、何気に世間がうるさかったのは【ポケモンの尊厳】です。

ドラクエにおいてモンスターは命すら奪われかねない「危険な害獣」です。一方のポケモンモンスターは、人間殺さない程度の「無害な生き物（隣人）」になります。
　
　で、そんな無害なポケモンは発見→攻撃（拷問）→捕獲（監禁）→仲間（洗脳）という目にあう。しかも悪徳ブリーダー顔負けの近親交配の強要も・・・・・・・ポケモン世界に転生しても、絶対ポケモンに生まれたくないね！！＼(^P^)／神よ

　
なのでポケモンにおける【悪の組織】は「ポケモンへの悪意とは、どういったものになるか？」という定義に近いです。

　ポケモンの【悪の組織】は自分のIFルートであり「君というトレーナーは【こう】ならないでね？こういうのは悪いことだからね」という教えを刷り込んでいるだけです。

なんならプレイヤーは悪の組織に共感しシンパになってしまっても構わないのです。
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一方のドラクエの悪は【自分の利益のために全ての人が不幸せになったって構わない】という存在、

「お前のような奴は地獄（六道輪廻）に堕ちちまえ！！この悪魔（天魔）悪魔キング級の腐れ外道！！」
・・・・みたいな信長につけられたDQNネーム第六天魔王から取った略称「魔王」に抗（あらが）う物語です。

理不尽に抗う限り、かならず魔王に当たるのがドラクエ。
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ドラクエは【主人公しね】
ポケモンは【・・・・いぢめる？】くらい違うよぉ(;´∀｀)