＞さらに、読者の感情・作者の感情・登場人物の感情は区別したほうが書きやすいのではないかと思います。

最初にそう仰っていましたが、兵藤さんご自身がそのへんを混同気味に論じていらっしゃらないでしょうか？

＞個人的な考えを述べますと、作品への感情移入は作者にないほうがいいと思います。

それは同意します。
で、これは作者の感情の話ですよね？

では、

＞感情を動かすのは、その構成すなわちプロットです。

これは誰の感情の話ですか？　構成すなわちプロットによって感情を動かすということは、これは結果としての「感情」。すなわち「読者の感情」ということになるように思います。

＞ストーリーと事実の羅列の違いは、感情ではないんですよね。
＞ストーリーは、人物同士の葛藤や目的達成の過程、あるいはテーマのもとに関係づけられる出来事の展開です。

では、これは？

「ストーリーは」「感情」ではなく「人物同士の葛藤や目的達成の過程、あるいはテーマのもとに関係づけられる」という文脈ですから、ストーリーを作るツールとして「感情」は妥当ではないと仰っているように読めます。
だとしたら、この「感情」は結果として読者の心に生まれる「感情」ではないことになります。何らかの形で作中の要素として盛り込む感情ということになり、無生物や出来事に感情は宿りませんから結局「登場人物の感情」ということになりそうです。

このように３種類の「感情」を曖昧につなげて論旨を述べてしまっておられるように見えるのですが、どうなのでしょうか？

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ちなみに個人的には、小説においての「感情」とは、ここでわかりやすく盛り込むこむのが効果的だと思ったときに盛り込むものにすぎません。

で、この場合、もちろん作者の感情とも読者の感情とも別物です。

ただ、まったく別の意味で、作品を世に問うからには、何らかの形で読者の感情を刺激することを目指しはします。この「読者の感情」には「知的好奇心」なども含みます。
そして、そういう感情を読者に与える設計のためには、読者の感情がどういうものであるのか知る必要はあり、それを知るためには作者自身の感情は参考にはなります。
そういう意味で「作者の感情」と「読者の感情」に大いに興味はありますが、それらは実際に作品に盛り込むものではありません。