＞設定や世界観や小物のアイデアはポンポン出るのですが、それをストーリーに乗せられず
それは、物語とアイディアを別個で考えてるためです。
極端な話、シリアスな復讐劇を考えてるのにコミカルな恋愛のネタを思いついたって馴染むわけないでしょ？
よくあるのは、魔法の設定を事細かに考えて、アイディア自体は面白いものに仕上がって、でもその魔法の設定を活かせる物語が作れない。というもの。
魔法の設定は魔法の設定だけで別個に考えてるため、「物語のために設定を作ったわけではない」ので、こうなるのは当たり前と言えば当たり前というわけです。
設定やアイディアは「物語のために作る」わけですから、そもそも話がないと、物語を考えてからでないと、設定やアイディアを思いついたところで上手く馴染みません。

＞何か商業作品を参考にしたいのですが
既存作品を参考にする場合、当たり前だけど既存作は「既に物語が出来てる状態」なので、それを意識しないと参考にしても空回りすると思います。
物語構造を理解するにあたっては、正直なんでもいいです。
ただ、物語の構造がなんとなくつかめてくると、今度はWeb作品などアマチュアの作品が非常に参考になると思います。
これは、受け取り方によってはディスってるように思われるのであんま口にしたくないんですが……
ぶっちゃけ、アマチュア作品は「失敗」がわかりやすいんですよ。
面白くないモノが何故面白くないのかを考えてみると、作者のミスが見えてくる。
プロの失敗は見えにくいし、失敗も失敗と思えないフォローが入るので単純に良いところしか目立たず、その裏側が見えないんですよね。
自分が知らない技術やアイディアを使ってたりもするから、ものすごい誤解をしてしまうこともあるし。
プロ作品で面白くないものは単純に好みの問題で楽しめないだけだし、ミスが見えない。
一方アマチュア作品は裏側がすごい見えるので、言い方はアレだけど下手な作品ほど問題点が浮き彫りになっていて良い参考になる。
それを解決するにはどうすれば、と考えりゃ、その答えがそのまま自分の作品に使えるからね。
上手いものを真似するよりも、下手なものを改善していったほうが、自分のレベルに合った上達ができます。