＞以上を踏まえて、現代のラノベにおいてクズ主人公は認められるか否か、ご意見を伺わせて下さい。
クズ主人公と言われるだけでいくつもタイトルが浮かぶぐらいですので、『認められる』と思います。
誰しもクズな性質の一つや二つはありますし、「個性」として「クズ」は読者の共感が得られやすいからです。

＞そして、漫画の分野なら勿論、ラノベにおいてすらもポジティブなクズはＯＫだがネガティブなクズはダメみたいな固定観念があると考えています。
ポジティブなクズよりも、ネガティブなクズの方が今は主流ではないでしょうか。
とは言え、選考入りを目指すのであれば、最終的には「審査員の好み」によるところも大きいので、可能であれば審査員の作風をリサーチして、対策するに越したことはありません。

どのような主人公にするにせよ、一番重要なのはしっかりバックグラウドを描写し、「共感が得られる主人公」にする事だと思います。
例えば、
・ポジティブなクズ主人公くんはなぜ不良になったのか？
→母子家庭でネグレクトされていた
・ネガティブなクズ主人公くんはなぜ引きこもりになったのか？
→学校でいじめを受けていた
のような、クズ主人公の人格形成にクリティカルな影響を及ぼしたエピソードを固めておく事が、読み手の共感を得る事に繋がります。
過去のトラウマを乗り越える事は成長系主人公の醍醐味ですし、キャラもぶれにくくなりますしね。
逆に明確な背景もなく、「クズ」とキャラ付けしてしまうと読者の共感は得られず、感情移入がしにくい為、キャラクター自体のヘイトがあがってしまうこともあると思います。
一般小説であれば共感出来ないキャラクター像も物語の味として一考の価値はありますが、ターゲット年齢層が低いラノベでは容認されにくいのは確かです。