配置的に横槍になっちゃうけれど、ここからでよいかな?
それは、ラスボスに困っているというよりは、何人かいる別件のボスらを倒していく順番に困っている、という感じに思えますが。
私が今までにやったのは……カレンダー的なものを配置して、「なんとなくこの順番で事件を片付けていこうか」みたいなものをプロット段階でぼんやり作ったかな。敵さんの都合的にこの時まで待ってくれない、というのがあったので、なるべくそれに合わせて、その間に入れられそうなものは入れて、入れられなかったら後日の話にするとか。
日本人の嫌がらせはいつでも起きそうだからじじとの確執の間に入れられるかもしれないけれど、ヒロインの故郷の話は別になりそうだったら外伝というか後日談的に独立した話にするとか。そんな感じで。