＞共通の黒幕・ラスボスは可能な限り、作れるのならばあったほうがいい存在なのか。
＞なくても成立するならば、単発の敵だけでそのままやってみても良いのか。

まず一般論として言えば、ラスボスは「なくても成立するならば」必須ではないと思います。どういう物語なのかによるでしょう。

構想されている物語の最終目標はどこにありますか？

バトル主体のストーリーならラスボスは作る方が引き締まるとは思います。しかしその場合、強敵を倒すこと自体が最終目標になってしまい、それ以外のエピソードがサイドストーリーのように見えてしまう恐れがあります。
つまり御作の場合、小公子がかすんでしまいかねない気がします。

ひょっとすると私が御作の構想をよく理解していないだけかもしれないので、見当はずれでしたらスルーしてください。

一応感じているのは、ややもすると「サムライの物語」と「小公子の物語」に分裂してしまいかねない構想なんじゃないか、ということです。
あ、だからダメだという意味じゃなくて。
二人の物語をどうからませるのか、そこをよく考えておくのが最重要なんじゃないかということです。

強敵を倒すというイベントは「サムライの物語」寄りの流れになりやすいと思うので、その戦いが小公子にとっても重要な意味があるものにするプロット上の工夫が必要かと思います。