それと。
ヒロインの位置づけがよく分からないのですが、扱いによっては「サムライと小公子の物語なのか、サムライとヒロインの物語なのか分からない」という状態になる可能性もありそうな気がします。

誰と誰の物語なのか。
何が最終的な目標なのか。

この二つを決めることによって、ストーリーに軸ができます。それ以外の要素はあまりしゃしゃりすぎないようにして、軸に絡めていく形で考えるといいんじゃないかと。