もし私が黒猫サンバさんの立場ならば、長編を書いて来年に応募すると思います。
必ずしも今年の電撃大賞に応募しなければならないのであれば、短編で出すしかありませんが、そうでないのならば自分が望む形で小説を終わらせて出した方がよいと思います。

実際、私も黒猫サンバさんと同じで様々な事情で規定枚数に届かないんですよ。短編でも出そうか長編を来年まで書いて出そうかと考えた結果、自分は妥協せずに来年の大賞に挑戦しようと決めました。

最終的な決断は黒猫サンバさんにありますが、まずは応募する前にじっくりと考えてみてください。可能な限り早く応募する事に意味があるのか、自分の全てを注いだ作品を応募することに意味があるのか。