＞ただ、今回の質問の意図としては『主人公がちょっとくらいモヤモヤしたまま終わってもいいんじゃないの？』って話です。

いいと思いますが、それではただの一般論になってしまいます。御作については何とも言えないという結論しか申し上げられませんが、それでいいのでしょうか？

＞『主人公の葛藤』に関する問題

＞バトルシーンその他の都合で『主人公がめっちゃモヤモヤしたまま終わる』作品になっていた

ということでしたら、ご友人の指摘する「モヤモヤ」の意味は「読者が納得できる結末になっておらず、消化不良」ということかと考えられます。そうであればダメに決まっていると言うしかありませんが、御作も拝読していませんし、ご友人の意見も正確に伺っていませんから、何とも言えないということになります。