一概に陰キャがダメだとは、個人的には考えていません。
ラノベなら『やはり俺の青春ラブコメはまちがっている。』、純文学なら太宰治の作品群、アニメならエヴンゲリオンなど、陰キャな主人公をむしろウリにして人気のある作品もあります。
で、これらの作品の主人公は、陰キャではあっても魅力があるんですね。 s.sさんが「癖のあるキャラ」と書かれているように、「一癖ある」「性格の陰影が深い」「味がある」といった要素は陰キャ気味な方が与えやすいんじゃないかと思います。そのぶん繊細なキャラ造形のセンスは必要でしょうが。

「陰キャ主人公」と「陽キャ主人公」のどちらがウケるかと悩むよりも、陰キャなら陰キャで「魅力的な陰キャ」を目指す方がよくはないですか？

……と軽く言ってみましたが、むろんそう簡単なことでもないのは承知です。
ですが。
かと言って陽キャにしさえすれば魅力的になるわけでもありませんから。
陰キャだろうと陽キャだろうと主人公を魅力的にすることに作者の腕が試されるのであって、魅力のない陽キャだったらダメなことに変わりはないでしょう。

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＞やはりリアル過ぎる主人公というのは嫌われるでしょうか？

……そこを気にしていらっしゃるのですか。
う～ん。リアルの度合いにもよると思います。

リアルすぎるというのは、エンタメの場合は注意が必要かもしれませんね。
陰キャ＋リアルな主人公となると、ヘタをすると読者に何か突き付けてしまいかねませんから。純文学ならむしろそうあるべきなのでしょうが、エンタメとなると少しね。
そういうところを緩める配慮をするか、逆にあえて読者の心をかるく逆なでするぐらいの「毒」に仕上げてみるか。
ちょっと工夫は必要かもしれませんね。