ご存知かと思いますが、それは多指症という実在する症例なので作品を公開する場合には配慮が必要かと思います。
過去に多指症を扱った作品は複数存在しますが、例えば手塚治虫さんのブラック・ジャックにもこれに触れたエピソードがあり、差別的表現があると指摘されて単行本に収録されなかったなどのケースがあるようです。
御作の「父親や兄弟から疎まれていた」という設定は、差別的なセリフなどを誘発しやすそうな懸念を感じます。私自身はこの種の問題についてジャッジメントするつもりは毛頭ないのですが、選考側が二の足を踏んで敬遠する可能性も考えた方がいいかもしれません。

＞一つ目、新人賞で序盤からテンプレを使って良いのか？（個人的にはダメだと思ってる）

テンプレは王道ともいい、読者に安心感を与えるので一概にダメだとは思いません。何かプラスアルファを加える必要はあるでしょうが、示された案では上記のことも含めて主人公のイメージがかなり暗いのが気になります。

＞二つ目、このプロローグの完成度はどの程度か？（情報量が少ないですので、面白いか否か、ニュアンスで結構です）

この設定であれば、物語の前半で主人公とヒロインが深刻に対立するのは必須ですね。それは、良い点だと思います。ドラマを作りやすそうです。

＞三つ目、親が序盤に死ぬ以外の他のショッキング展開を知りたい！（できればこのプロットに合致するような内容）

ショッキング展開にこだわりすぎではないでしょうか？　そういう指向から私が冒頭で懸念したようなファクターを思いつかれたのではないかとも推測します。
くだんのモチーフはわりとショッキングではあるでしょうが、それは「陰惨」と同義のショッキング性です。敢えてそれにチャレンジしてみたいなら止めはしませんが、リスクのある賭けにはなりそうな気がします。

できたら「陰惨ゆえのショック」だけではなく、読者の予想を超えるような斬新なアイデアなどの方向にも目を向けてみると良いのではないでしょうか？