ストーリーが動き出すのがかなり遅い印象です。
それと、読者に先を読みたいと思わせる期待感の作り方を意識されているでしょうか？

＞見える、幻覚は多くの人々が戦い、大きな地響きを伴う爆発、そして誰もいなくなった大地に降り注ぐ流星群。

これは、やや期待感を芽生えさせます。示された粗筋には書かれていない、後半かラストの大きな展開につながりそうだと予感させるからです。
ですが、ここでは断片的なイメージにとどまり、すぐに別の回想に移ってしまいます。それだとあまり効果がありません。

＞ある権力者の依頼により、新たな遺跡へと向かう考古学者の一団　〜

＞この時、父の形見であるスコップを船に置いてきてしまう。

ここまでのパートは回想と設定説明になっています。これは、序盤に置くには明らかに冗長です。
背景の設定は、説明するのではなくストーリーに織り込んで少しずつ読者に伝える工夫をする方がいいです。
また、回想の中に化物に襲撃されるという大きな動きがあることはあるのですが。
しかし回想として書かれると臨場感に欠けるんですね。その後どうなったのかも、すでに分かっています。主人公がボートで漂流して衰弱しているのは苦しい状況ではあるでしょうが、ストーリーの流れとしては一段落ついてしまっているので。

ちなみにアニメだとこういう感じの回想シーンが多いですよね？　しかし、アニメの場合は視覚的に表現するので、回想シーンであっても臨場感をもたせることができるんです。小説ではそうはいかないという違いを理解する必要があります。

なので、このパートは回想ではなくリアルタイムの進行にしてはダメなのか、一応検討してみることをお勧めします。ボートで漂流しているシーンはたぶん思ったほど効果的ではないので、何か別のツカミになる冒頭シーンを探した方がいいように思います。

帆船が通りかかって救助され、男装したヒロインと出会うシーン。ここで、やっとストーリーが動き出します。
回想を入れたいなら、タイミングはここかな。
このヒロインは主人公にとっても読者にとっても色々謎があるので、興味を持たせやすそうです。
ヒロインへの興味という１点に的をしぼってここまでのストーリーを進め、そこで回想に入れば読者をじらす効果も期待できます。「この続きは、お知らせの後で」ってやつです。しかしストーリーを途切れさせるタイミングを間違えると、単に読者は先を読む気を失ってしまうだけなので注意が必要です。

＞一つ目、視点移動、回想する際の気をつける点。

以上のことも回答の一端になりますが、もう一つ。

＞ヒロインの回想。
＞ヒロインの家は貧乏で、〜

このパートの使い方も注意が必要だと思いました。
ヒロインに共感できる理由を、読者にだけ教えていますよね？　それはずるいですよ。
このパートの前後で主人公とヒロインの関係がかなり好転しますが、主人公の心になぜそういう心境の変化が起こったのかが重要です。その過程を作ることを手抜きするための回想パートになってしまっています。
手抜きだからけしからんということではなく、そういうことは読者にも何となく分かるものなので。
「主人公が急にヒロインを信頼し始めたけど、どうしてそうなったのか納得できない」と言われてしまう可能性が高いです。

こういう読者と主人公の認識にギャップを作るパートには、使い方があります。
ヒロインの事情を読者にだけ教えた後には、むしろ主人公がヒロインを誤解したままで、関係が険悪になるパートを入れる方がいいです。読者に「ヒロインは本当はいいやつなんだから、理解してやれよ！　助けてやれよ！」というヤキモキ感を抱かせるのが狙いです。
これを入れておくと、読者の心に主人公とヒロインの仲が好転してほしいという願望が生まれるので、そのあと実際に和解する展開が多少ご都合主義であっても喜んでもらえるんです。

＞二つ目、今回はかなり王道路線（のつもり）なのですが、オリジナリティを重んじる新人賞でウケるか否か？

＞三つ目、このプロットの完成度、続きを読みたいと思うか？（情報量が少ないですので、ニュアンスで結構です）

王道であっても、ストーリーの組み立て方一つで先を読みたいという気持ちにさせることは可能かと。
読ませることさえできれば、オリジナリティで驚かせるのは後半でも間に合うわけです。冒頭の「流星群」にどれほど新鮮味があるかあたりが勝負かもしれません。