＞こういう批判モノ、アンチモノを露骨ではなくやんわりと否定批判皮肉する方法ってありますでしょうか？

別にやわらげる必要はないと思います。

が。

やや気になるのは、

＞オスばかりを排除の対象にする「自然の摂理」

これは現実の自然法則に対する認識としてはかなり特殊で偏った見方です。なので、この「テーゼ」を作中の女神だけでなく読者にも突きつける感じに書こうとされているとしたら考え物ではあります。

＞「露骨なのは良くない」

というのはおそらく、作品によって作者が現実の女性を批判・非難しているような色合いをおびてしまうのはよくない、という意味ではないかと思います。

要は、その「テーゼ」をあくまで作品内の設定と割り切っているのなら何の問題もないということです。
もう少し具体的にストーリーの作り方に即して言うなら、批判や非難はすべて女神と女神が司る「架空の自然法則」に向けておけばよいということです。

＞相手である女性を非難したり、自然そのものを批判したり、それを決めた神様を非難したりする

「それを決めた神様を非難する」のはいいのですが、「相手である女性を非難する」「自然そのものを批判する」というのは、ちょっと筋違いな感じがするんですね。そのへん、どうお考えですか？

そもそも、「相手である女性」（ヒロイン？　もしくは敵である女性という意味でしょうか？）というキャラが、説明の文章だけではどう関わってくるのか分かりません。
オスに対して理不尽な法則を決めた女神がいて、それによってオスが淘汰されるという設定のようですから、前半のバトロア局面において主人公が戦う相手は全員がオスになりますよね？　女性とも戦わせてしまうと「オスばかりが排除の対象にされる」という基本ルールに反してしまいますから。

したがって、主人公の本来の敵は理不尽な法則を作った女神であって、「相手である女性」はそれに加担している、または信条として女神の作った法則を是としているということであれば、その女性キャラにも主人公が批判の矛先を向けても不自然ではありません。

　　　＊　　　＊　　　＊

要するにですね。
ぶっちゃけて言うと、女神がトンチキな法則を勝手に決めていて、作中の女性たちがその変な法則によって依怙贔屓されているという構図なわけですよ。
しかし、それだと悪いのは女神であって、勝手に依怙贔屓されている女性たちには罪はありません。
したがって、主人公が女神だけでなく他の女性キャラも非難する理由付けに、説得力を持たせる必要があります。
一番簡単なのは、女神＝ラスボス・女性キャラ＝女神の子分という形にすることでしょうが、他にも方法は色々あるでしょう。その女性キャラを好意的に扱うなら、最初は女神の思想に精神汚染されていたのだけれど、主人公と関わることによってだんだんそれが間違っていると思うようになる、みたいな描き方もあるかもですね。

そこの辺りをきっちりと作らずに、女神だけでなくそれ以外の女性キャラも闇雲に批判の対象にしてしまうと、主人公の方も単に「理不尽な考えをこじらせた偏屈なやつ」という感じになってしまいかねない、というのが注意点かと思います。