ストーリーには、書くべきことと書く必要のないことがあると思うんですね。
ただ。
相談の文面を拝見していて、スレ主様もちゃんとそこが分かっていらっしゃるんじゃないかと思ったのですが？

私はゲームをあまりやらないし、ラスアス２を知りません。だから、きちんと理解できているかどうか少し不安ですが、

＞復讐のために村の馬と人手を使うことをためらわないエリーとエリー擁護派（言っても聞かないからもう持っていって派）以外、復讐とかやめてくれない？迷惑なんだけど派も村に存在しているはずなんです。

これは書くべきことだと私も思いますよ。

たぶんエリーというのは好感を持たれるキャラなのだと想像しますが、スレ主様の目には悪気はなくても周囲に迷惑のかかる行動に走るところがあって、それが許せないのかなと。
ゲームの製作者はそこを軽視したのだろうけれど、スレ主様は軽視できなかったのなら、もしスレ主様がその作品の作者だったとしたら当然そこは書かなければならない部分だと思うんですよ。
ただし、ゲーム制作者がダメなんだという話ではなく、その人とスレ主様は大事にしている部分が違うということなんですね、たぶん。
とは言えそれは、少なくとも取りこぼしなくすべてを書こうとすることとは違います。

スレ主様がエリーの行動に納得できないと思われたのなら、自作の主人公には違う態度をとらせればいいわけです。
そして作中にエリーのようなキャラを出すなら、主人公がそれに対してどう思い、どんなリアクションをとるのかとか、周囲の人間がどんな反応をするのかなどを書いていけばいいんじゃないかと。これってけっこうストーリーの骨太な部分で、方向性を作ってくれる気がします。それを大事にして、関係ない部分は大胆にそぎ落とせばいいです。
そぎ落とした部分に大事なものが含まれていたはずだと感じる読者もいるかもしれませんが、それは仕方がないと覚悟しないと。

＞その取りこぼしを見つけた人に、そこを書いてないから、あなたの考える楽園は○○がいない世界なのねとか言われるの嫌です。

いや、誰だってそんなもんですよ。
いちいち気にしていたらキリがありません。