＞①キャラクターの行動が不自然(性格的に取らない言動をしている、もっと良い解決法があるのにそれを試していない)
＞②世界設定との矛盾
＞③単体ではおかしくないが後のB,C展開と合わせるとおかしい

①と②は矛盾に気がつけば何とか修正できる場合が多いと思いますが、③はやっかいですね。ＡＢＣまとめて修正できるならいいのですが、それがやりにくい時っておそらくストーリーの本筋にからんでいます。

あと、個人的な経験としては、矛盾が事物に関することならたいていは修正できますが、主人公または主要キャラクターの言動に関わることの場合は直しにくさを感じることがあります。主人公やヒロインの性格や言動は辻褄さえあっていればいいというわけではなく、読者に好感をもってもらうということも狙う必要があるからです。
シンプルなキャラ設定とストーリーならそこに齟齬が生じることは少ないのですが、オリジナリティを出そうとしてクセのある主人公やヒロインにしてみるとか、キャラの関係性に凝ってみるとか。そんなことを盛り込もうとした作品ほど、あっちこっちで辻褄合わせと好感度がケンカするみたいな事態を引き起こしやすいようです。

……まあ、こういうことっていうのはプロットの段階で洗い出した方がいいわけですが。（て言うか、それがプロットが必要な理由ですね）
正直私も、執筆が半ばくらいまで進んだあたりで気がついて困ったことが、何度もあります。

そういう場合の対処法としては、そもそも作品を構想した時点で自分がどういうウリを考えていたかというところまで戻ります。主人公なら主人公のどういう言動で読者に魅力や面白さを感じてもらいたかったのか。そういったことを思い出し、それを起点にしてプロットを再点検します。
これをやると、たいていはそれまでの執筆分のほとんどを捨てて、一から全部書き直すような作業になります。部分的には、比較的当たり障りのないパートを再利用できることもありますが。
ある程度執筆したことによって自分の中でキャライメージなどが鮮明になってはいるので、それを使って話を作り直す感じです。

このやり方は言うまでもなく、それまでに費やしたかなりの時間と労力を捨てることになるわけですが、今の自分の実力ではそういう過程を経ないとこの作品を仕上げることはできなかったのだと考えて諦めることにしています。
そうやって書き直した作品が比較的好評だったこともあるにはありますから、まったく無駄な作業ではないのかもしれません。
まあ、そんなことしないで一発で仕上げられるようになるのが理想ではありますけどね。