ご相談の文面を読み返したところ、まだプロットの段階での悩みなんですね。それならば、私の先の書き込みのように本編の執筆を進めてしまってからよりは、作業的にはずっと楽です。
そういうことならば、部分的な辻褄合わせも軽視はできないでしょうが、それよりもよりも先に「ストーリーの本筋は何か」ということを再確認してみるといいように思います。構想されている物語を大づかみに、主人公が最終的に何を目指す話なのか、そこに近づくために何をする話なのかを明確にするということです。
想像ではそこが不明瞭なまま、部分的によさそうな設定やエピソードを盛りすぎているのではないでしょうか？　だとしたら、上のような本筋に必要な部品だけを採用し、関係の薄い要素はどれほど素晴らしいアイデアでも心を鬼にして切り捨てる気構えでプロットを再構成してみるといいかと。
それをやった上で、なお部分的な矛盾点に気がついた場合、修正はかなり楽になっていると思います。
一つの矛盾点をいじると他に矛盾が生じるということは（正直に言って私も思い出したくないほど経験がありますが）、ストーリーの本筋がきっちり通っていないということなんですよ。

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プロット創りの理論のようなものが世間に多数出回っていますよね。優秀なものから怪しげなものまで玉石混交ですが、まともなものはほぼ全て、ストーリーの本筋を構造的に見極める技術という意味合いを含んでいるように思います。